Caractérisation génétique de la structure taxonomique et de la diversité fonctionnelle des communautés microbiennes

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Du fait de leur biomasse gigantesque, et de leurs fonctions métaboliques diverses, les microorganismes jouent un rôle majeur dans la stabilité des écosystèmes. Cependant, notre connaissance des processus évolutifs qui structurent et maintiennent la diversité des communautés microbiennes est encore balbutiante. À l'heure où le réchauffement global accélère la détérioration de nombreux écosystèmes, il est crucial d'élucider les mécanismes d'adaptation de ces organismes, et leurs impacts sur la stabilité des écosystèmes. L'objectif à long terme de mon programme de recherche est de prédire la réponse des communautés de microorganismes aux pressions de sélection dans des contextes de changements environnementaux naturels.Les deux premiers objectifs nécessitent de caractériser génétiquement ces communautés bactériennes, tant du point de vue taxonomique que fonctionnel. L'atteinte de ses objectifs implique la conservation des échantillons de communautés naturelles, l'amplification de marqueurs taxonomiques avant séquençage; et parallèlement d'extraire l'ARN pour identifier les gènes fonctionnels. L'amplification des marqueurs génétiques nécessitera plus de 6000 réactions et la conservation des échantillons nécessite l'utilisation permanente d'un ultra-congélateur.Je demande donc au CRSNG d'appuyer l'achat de deux appareils indispensables à l'atteinte de ces objectifs cruciaux : (i) le Thermocycleur Biometra T3000 (temps d'utilisation de 120 heures/mois) est un outil incontournable pour amplifier les marqueurs ciblés. il offre trois blocs indépendants, indispensables pour mise au point de protocoles d'amplification et l'utilisation simultanée par plusieurs étudiants. (ii) l'ultra-congélateur -80 C (utilisation permanente) est essentiel à la conservation des échantillons. Il offre une grande capacité de rangement et une manipulation aisée des échantillons. L'emplacement est disponible dans mon laboratoire. Ces deux appareils constitueront une base indispensable à l'atteinte de mes objectifs à long terme et contribueront significativement à la formation de mes étudiants en évolution moléculaire et en génomique fonctionnelle.