Un séquenceur de table de nouvelle génération pour la métagénomique comparative, la génomique fonctionnelle, et la biologie des systèmes.

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L'équipement demandé est un séquenceur de table MiSeq de Illumina qui utilise une technologie de séquençage par synthèse. Illumina est actuellement le leader mondial dans les technologies de séquençage de nouvelle génération. Le MiSeq est le plus polyvalent des séquenceurs actuellement disponibles avec le meilleur compromis entre débit, longueur des lectures et précision. De plus, sa forte capacité de multiplexage en fait l'outil de prédilection non seulement pour le séquençage massif d'amplicons (« metabarcoding ») et le génotypage (identification d'allèles rares), mais aussi pour le séquençage de novo de petits génomes, de métagénomes et de métatranscriptomes.***Les cinq équipes de chercheurs impliquées dans cette demande ont des programmes de recherche qui requièrent d'importants volumes de profilage métagénomique sur des organismes non modèles. Ce type de données nécessite une précision taxonomique élevée qui est directement dépendante de la longueur des séquences et de la précision du séquençage. Le MiSeq étant la seule plateforme de séquençage de deuxième génération actuellement disponible à répondre adéquatement à ces deux critères, son utilisation est absolument incontournable.***L'appareil sera installé et entretenu à la plateforme de séquençage de l'IBIS afin que son utilisation par le PHQ soit supervisée étroitement par le personnel qualifié de la plateforme. ***L'appareil demandé aura un impact majeur sur les programmes de recherche des cinq demandeurs puisqu'il est devenu incontournable pour des applications centrales à leur programme de recherche. Or, la sur-utilisation du seul appareil actuellement disponible occasionne des retards importants (3-6 mois) qui affectent particulièrement les travaux des PHQ de premier et deuxième cycle, compromettant la publication de leurs résultats, et conséquemment leurs succès aux demandes de bourse. ***L'acquisition d'un nouvel appareil accélèrera les programmes de recherche des demandeurs à hauteur de plusieurs mois par année, diminuera les coûts associés à certaines expériences et favorisera la formation de PHQ en nouvelles technologies de séquençage. En outre, il permettra au PHQ de s'impliquer dans la mise au point de méthodes expérimentales de pointe qui ne peuvent pas être développées présentement. **