应用化学和生物信息学技术设计具有Nrf2-Keap1 "蛋白-蛋白"相互调控作用的类天然产物研究
批准号:
81230078
项目类别:
重点项目
资助金额:
280.0 万元
负责人:
尤启冬
依托单位:
学科分类:
H3407.药物设计与药物信息
结题年份:
2017
批准年份:
2012
项目状态:
已结题
项目参与者:
向华、巫冠中、江程、李玉艳、颜天华、孙昊鹏、张海伟、赵丽
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中文摘要
本项目基于化学信息学和生物信息学技术,综合运用结构生物学、网络药理学、计算机辅助药物设计学等多种技术手段,挖掘Nrf2-Keap1"蛋白-蛋白"相互作用过程中的作用信息和模式特征,阐明"蛋白-蛋白"相互作用过程的科学内涵,建立高效准确的研究新方法和新技术,从天然产物中发现能够满足Nrf2-Keap1相互作用特征的新型天然产物优势骨架,设计和合成具有模拟"蛋白-蛋白"相互调控作用的类天然产物化合物库,实现药物分子设计的源头创新。在本项目中,我们将构建①发现"蛋白-蛋白"相互作用结合热区的快速高效的新方法;②基于"蛋白-蛋白"相互作用动态过程关键热区的研究体系和方法;③设计具有高度靶标适配性及良好成药性的类天然产物数据库体系;④建立近似功能、彼此关联的靶标群落和网络药理学新模型。通过这些新技术和方法建立高效率、低成本、可靠度高、适用性广的"蛋白-蛋白"相互作用调控剂研究的研究体系。
英文摘要
In this application, cheminformatics and bioinformatics techniques, accompanied with structure biology, network pharmacology, and computer-aided drug design, will be applied as the basic methodology for deeply clarifying the Nrf2-Keap1 "protein-protein" interaction system. The binding mode of the Nrf2-Keap1 interaction pattern as well as the key information will be fully described. High efficient and precise research new methods will be constructed for the identification of novel scaffold from natural products and their derivatives that can fulfill the binding interaction characters. Rational molecular design on the basis of the cheminformatics and bioinformatics will be fully emphasized to generate natural-products-like compound databases. In this application, we will set up 1) new method for the high efficiently recognization of hot spot in the "protein-protein" interaction system; 2) novel research skills and schemes for the hot spot on the basis of their dynamic processes; 3) natural product and natural-products-like compound databases that can fulfill the characters of "protein-protein" interaction system and possess well drug-like properties; 4) novel target network on the basis of different "protein-protein" interaction systems. With the help of these novel skills and methodologies, we will construct high effcient, low cost, reliabile and common research systems for the design of new modulators for "protein-protein" interaction system.
本项目基于化学信息学和生物信息学技术,综合运用结构生物学、网络药理学、计算机辅助药物设计学等多种技术手段,深入挖掘了 Nrf2-Keap1"蛋白-蛋白"相互作用过程中的作用信息和模式特征,阐明"蛋白-蛋白"相互作用过程的科学内涵,为蛋白-蛋白相互作用抑制剂的研究提供了新思路和新方法。在本项目中,我们成功构建了①发现"蛋白-蛋白"相互作用结合热区的快速高效的新方法;②基于"蛋白-蛋白"相互作用动态过程关键热区的研究体系和方法;③具有高度靶标适配性及良好成药性的类天然产物数据库体系;④建立近似功能、彼此关联的基于蛋白-蛋白相互作用的网络药理学新模型。我们针对Keap1-Nrf2蛋白-蛋白相互作用进行了系统的信息学分析和动态模拟,首次提出了Keap1-Nrf2五位点分区作用模式,成功鉴定出了Keap1-Nrf2识别和结合的关键极性相互作用。我们建立了高效准确的研究新方法和新技术,从天然产物中发现了能够满足 Nrf2-Keap1 相互作用特征的新型天然产物优势骨架,实现药物分子设计的源头创新。我们依据Keap1-Nrf2相互作用的关键特征,成功获得了第一个具有纳摩尔活性的小分子Keap1-Nrf2蛋白-蛋白相互作用抑制剂。依据信息学分析结果,我们确证了抑制剂的生物学功能,并证实其在结肠炎和肾炎的治疗学应用。同时,我们系统分析了Keap1-IKKβ和Keap1-p62的蛋白-蛋白相互作用,明确了Keap1在网络调控中的核心地位。通过这些新技术和方法,我们成功建立了高效率、低成本、可靠度高、适用性广的"蛋白-蛋白"相互作用调控剂研究的研究体系,能够有效运用到不同的蛋白-蛋白相互作用体系的研究之中。
期刊论文列表
专著列表
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Effective Screening Strategy Using Ensembled Pharmacophore Models Combined with Cascade Docking: Application to p53-MDM2 Interaction Inhibitors
使用集成药效团模型结合级联对接的有效筛选策略:在 p53-MDM2 相互作用抑制剂中的应用
DOI:10.1021/ci400348f
发表时间:2013-10
期刊:Journal of Chemical Information and Modeling
影响因子:5.6
作者:Xue Xin;Wei Jin-Lian;Xu Li-Li;Xi Mei-Yang;Xu Xiao-Li;Liu Fang;Guo Xiao-Ke;Wang Lei;Zhang Xiao-Jin;Zhang Ming-Ye;Lu Meng-Chen;Sun Hao-Peng;You Qi-Dong
通讯作者:You Qi-Dong
Structure-Activity and Structure-Property Relationship and Exploratory in Vivo Evaluation of the Nanomolar Keap1-Nrf2 Protein-Protein Interaction Inhibitor
纳摩尔Keap1-Nrf2蛋白-蛋白相互作用抑制剂的构效关系及构效关系及探索性体内评价
DOI:10.1021/acs.jmedchem.5b00185
发表时间:2015-08-27
期刊:JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY
影响因子:7.3
作者:Jiang, Zheng-Yu;Xu, Li-Li;You, Qi-Dong
通讯作者:You, Qi-Dong
Insight into the intermolecular recognition mechanism between Keap1 and IKKβ combining homology modelling, protein-protein docking, molecular dynamics simulations and virtual alanine mutation.
结合同源建模、蛋白质-蛋白质对接、分子动力学模拟和虚拟丙氨酸突变,深入了解Keap1和IKK beta之间的分子间识别机制
DOI:10.1371/journal.pone.0075076
发表时间:2013
期刊:PloS one
影响因子:3.7
作者:Jiang ZY;Chu HX;Xi MY;Yang TT;Jia JM;Huang JJ;Guo XK;Zhang XJ;You QD;Sun HP
通讯作者:Sun HP
Discovery of Potent Keap1-Nrf2 Protein-Protein Interaction Inhibitor Based on Molecular Binding Determinants Analysis
基于分子结合决定因素分析发现有效的 Keap1-Nrf2 蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂
DOI:10.1021/jm5000529
发表时间:2014-03-27
期刊:JOURNAL OF MEDICINAL CHEMISTRY
影响因子:7.3
作者:Jiang, Zheng-Yu;Lu, Meng-Chen;Sun, Hao-Peng
通讯作者:Sun, Hao-Peng
Polar Recognition Group Study of Keap1-Nrf2 Protein-Protein Interaction Inhibitors
Keap1-Nrf2 蛋白质-蛋白质相互作用抑制剂的极性识别组研究
DOI:10.1021/acsmedchemlett.5b00407
发表时间:2016-09-01
期刊:ACS MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS
影响因子:4.2
作者:Lu, Meng-Chen;Tan, Shi-Jie;Jiang, Zheng-Yu
通讯作者:Jiang, Zheng-Yu
基于BH3结合特征差异的选择性BFL-1抑制剂的设计及其在恶性和耐药性血液肿瘤中的作用机制研究
- 批准号:82373796
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:49万元
- 批准年份:2023
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
基于蛋白-蛋白相互作用精准调节转录因子Nrf2活性及探索其作为肝细胞癌治疗的新靶标
- 批准号:81930100
- 项目类别:重点项目
- 资助金额:298万元
- 批准年份:2019
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
基于蛋白-蛋白相互作用的物理化学行为设计和优化蛋白-蛋白相互作用抑制剂的研究
- 批准号:81773639
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:63.5万元
- 批准年份:2017
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
Hsp90与辅助伴侣分子Cdc37相互作用过程的调控、调控剂的设计及生物机制研究
- 批准号:81573346
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:75.0万元
- 批准年份:2015
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
运用化学小分子探针研究非可控性炎症恶性转化过程的调控网络及关键分子事件
- 批准号:91129732
- 项目类别:重大研究计划
- 资助金额:60.0万元
- 批准年份:2011
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
基于藤黄属天然产物中具有抗肿瘤活性的桥环骨架进行类天然产物化合物库的构建、评价和类药性研究
- 批准号:21072231
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:36.0万元
- 批准年份:2010
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
调控肿瘤干细胞凋亡的信号转导通路研究及化学小分子探针的构建
- 批准号:90713038
- 项目类别:重大研究计划
- 资助金额:50.0万元
- 批准年份:2007
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
具有抗肿瘤作用的微管动力蛋白Eg5抑制剂的全新设计、合成和生物活性研究
- 批准号:30772624
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:32.0万元
- 批准年份:2007
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
新型抗肿瘤化合物CPUY01013作用机理和活性研究
- 批准号:30472084
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:21.0万元
- 批准年份:2004
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
具有Src蛋白激酶和NO合酶双重抑制作用的抗肿瘤化合物的设计、合成与生物活性研究
- 批准号:30371676
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:20.0万元
- 批准年份:2003
- 负责人:尤启冬
- 依托单位:
国内基金
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