本项目研究由代换生成的无穷序列（有限自动机可识别的序列是其特殊情形）诱导的形式语言的因子性质及其在其它学科的应用。本项目由理论研究以及在其他学科的应用两部分组成。这一研究带来一些新的概念，思想与方法，理论研究主要集中在序列的因子结构与性质，目前仅在两个字母情形的可逆代换类有完整结果，在常长代换类有部分结果，对于一般代换类与三个字母尚远未解决。由于代换生成规则简单，又具有某种自相似性，自1970年代以来，有关它们的研究已非常深入，与其它学科的联系一再被揭示（如形式语言，编码，数论、生命信息学、遍历理论、理论物理等），逐渐发展为交叉性很强的活跃学科。应用研究将利用因子性质与结构，综合词上组合、离散动力系统、分形几何等方法技巧研究上面提及的学科的一些用学科自身的常规方法不能解决的一些问题。