猪流感（Swine influenza, SI）是由猪流感病毒（Swine influenza virus, SIV）引起的一种急性、热性和高度接触性的猪呼吸道传染病，具有重要的兽医和人类公共卫生学意义。本项目完成了多株H1亚型猪流感病毒的基因组测序和生物学特性研究；发现甲型H1N1猪源流感病毒HA 142和177位点糖基化增强了病毒毒力和致病性；H1N1猪流感病毒NA 220和418位点氨基酸的突变可以改变病毒对小鼠的毒力和致病性；对中国H1N2亚型猪流感病毒进行了基因分型，揭示了病毒的遗传重组规律；系统研究了H1N2，甲型H1N1，经典H1N1亚型猪流感病毒对小鼠的致病性和炎性反应；利用比较蛋白质组学的研究方法，比较了甲型H1N1猪流感病毒和经典H1N1猪流感病毒感染PAM细胞后差异表达蛋白的异同；完成了H1N1猪流感病毒感染猪后肺组织基因表达谱分析，发现了一系列与H1N1猪流感病毒感染相关的宿主因子；同时，在microRNA调控流感病毒复制及感染等方面取得了一些重要进展。在Emerging Infectious Diseases，Journal of Proteomics，Veterinary Research，BMC Genomics和PLoS ONE等杂志上发表标注该项目资助的SCI论文7篇，获湖北省自然科学优秀论文二等奖1项，申报发明专利1项，培养硕士研究生6名。