在客观地分析现代食品加工过程所蕴含的科学问题基础上，凝练出二个共性和关键性基础问题开展探讨，以蛋白质、淀粉和脂质等典型食品组分和特定微生物、酶为研究对象，充分考虑食品体系的复杂性，以确保有害微生物完全致死的安全性以及食物产品的高品质和营养性为目标，将现代结构化学分析方法、DNA表达差异性技术、数据融合技术以及人工神经网络等有机地结合起来，以细胞结构、遗传物质差异性和分子结构为突破口，系统探讨复杂食品体系中施加电磁声力温场等对典型食品组分、特定蛋白质和酶等的宏观性能和微观结构（初级结构和高级构象）的影响作用及受其他组分的干扰，实现典型食品组分、微生物和酶受特征物理场影响的细胞和分子解释，构建现代食品加工过程状态参数-物理场响应-微观结构-宏观效应之间的数学关系，从而开展深入和前沿性的基础科学研究，解决现代食品加工过程的关键科技问题，真正为我国乃至世界食品加工工业的科技进步和发展提供理论保障。