本课题拟研究东南沿海地区对军民威胁较大的重要虫媒传染病（登革热、肾综合征出血热、恙虫病、流行性乙型脑炎）和新发虫媒传染病的时间和空间分布的变化规律，以及与当地自然因素和社会因素变化的关系；应用遗传流行病学、分子流行病学和生物信息学方法分析虫媒传染病病原体主要代表性基因或抗原决定基因的进化规律；研究病原体基因系统发生的地理和时间动力学变化，绘制系统进化树；通过对遗传因素和生态因素相互作用的研究，预测东南沿海虫媒传染病流行趋势，为虫媒传染病预防和控制提供理论依据。