修饰核酸的化学标记和检测技术研发
批准号:
91753201
项目类别:
重大研究计划
资助金额:
300.0 万元
负责人:
周翔
依托单位:
学科分类:
生物体系分子探针
结题年份:
2021
批准年份:
2017
项目状态:
已结题
项目参与者:
刘松梅、王芳、吴志国、杜宇昊、陈玉琪、郭珊、何志勇、刘朝兴、王雅芬
中文摘要
修饰核酸在生物体内发挥的功能,以及与基因调控和各种疾病有密切关系是表观遗传学研究的重要内容。很多核酸修饰是动态变化的,只有知道了修饰核酸在体内的分布,在基因组中的位置以及在不同状态或者不同细胞中的含量和分布,我们才能了解它们的功能。因此,开发对修饰核酸在基因组的分布、位点以及相关的功能的检测技术和策略,才能够了解它们与疾病和生命过程的关系。本项目中,我们将利用对修饰核酸能特异识别和共价结合的新型分子探针,针对在全基因组和短片断基因中5-醛基胞嘧啶、5-羧基胞嘧啶、5-醛基尿嘧啶、5-甲基胞嘧啶和N-6甲基腺嘌呤等修饰的识别、标记,通过对基因组中这些修饰核酸的反应、富集、高通量测序、生物信息学分析,完成部分修饰核酸的基因图谱(单碱基分辨率)的绘制,研发出能对这些修饰核酸检测的新策略、新技术和新方法,探讨修饰核酸在生物医学功能中的重要作用。
英文摘要
The important contents for epigenetic studies are that modified nucleic acids play important roles in biological functions, gene regulation and relation with many diseases. It is important to understand the mapping, sites and functions of modified nucleic acids in genome and therefore we could understand their relations to disease and life process. In this project, we shall design and synthesize the probes to specifically recognize and label to 5-methylcytosine, 5-formylcytosine, 5-hydromethylcytosine, 5-carboxylcytosine, 5-formyluracil and N-6 methyladenine respectively. Then, modified nucleic acids are enriched, high-throughput sequencing and finally bioinformatic analysis. Then we shall finish the mapping of modified nucleic acids in genome. We hope that we can get more new strategies, methods and techniques to map and detect the modified nucleic acids in genome. Using these new strategies, methods and techniques, we can get more important functional information of modified nucleic acids related to biomedical function.
本项目主要是利用小分子探针对全基因组和转录组中目标修饰碱基的识别和标记,通过对目标修饰核酸的反应和富集,结合后续的高通量测序和生物信息学分析等方法,实现对部分修饰核酸的单碱基分辨率水平的基因图谱绘制。修饰核酸与多种疾病有着密切的联系,是表观遗传学研究中非常重要的组成部分。对修饰核酸的研究虽然已经取得了很多成果,但是仍然存在很多问题。通过对修饰核酸在基因组中的分布和位点进行分析,不仅能了解不同疾病细胞中修饰核酸的差异,而且能为疾病的诊断和治疗提供理论依据。为此,本项目对以下方面进行了研究:1.具有与修饰核酸特异性识别能力的小分子的设计、合成;2.小分子对细胞提取的DNA/RNA的靶向识别;3.通过小分子对细胞内目标修饰核酸进行反应和富集,并进行高通量测序和生物信息学分析;4.围绕核酸识别和调控的新方法、新策略开发,并开展在肿瘤等疾病中的诊疗应用研究。
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Selective Labeling Aldehydes in DNA
选择性标记 DNA 中的醛
DOI:
10.1021/acs.analchem.8b04822
发表时间:
2018
期刊:
Analytical Chemistry
影响因子:
7.4
作者:
[Liu Chaoxing, Luo Xiaomeng, Chen Yuqi, Wu Fan, Yang Wei, Wang Yafen, Zhang Xiong, Zou Guangrong, Zhou Xiang]
通讯作者:
Zhou Xiang
Fluorescence assay based on the thioflavin T-induced conformation switch of G-quadruplexes for TET1 detection
基于硫黄素 T 诱导的 G-四链体构象转换的荧光测定用于 TET1 检测
DOI:
10.1039/d1an00109d
发表时间:
2021
期刊:
Analyst
影响因子:
4.2
作者:
[Chen Xue, Cheng Ying, Wang Yafen, Tang Jing, Wang Fang, Chen Zilin]
通讯作者:
Chen Zilin
Efficient Separation of Nucleic Acids with Different Secondary Structures by Metal-Organic Frameworks
利用金属有机框架有效分离不同二级结构的核酸
DOI:
10.1021/jacs.9b10936
发表时间:
2020
期刊:
Journal of the American Chemical Society
影响因子:
15
作者:
[Peng Shuang, Bie Binglin, Jia Hongnan, Tang Heng, Zhang Xiong, Sun Yuqing, Wei Qi, Wu Fan, Yuan Yushu, Deng Hexiang, Zhou Xiang]
通讯作者:
Zhou Xiang
5-Formyluracil targeted biochemical reactions with proteins inhibit DNA replication, induce mutations and interference gene expression in living cells
5-甲酰尿嘧啶与蛋白质发生靶向生化反应,抑制活细胞中的 DNA 复制、诱导突变并干扰基因表达
DOI:
10.1016/j.cclet.2021.02.036
发表时间:
2021-02
期刊:
Chinese Chemical Letters
影响因子:
9.1
作者:
[Zou Guangrong, Zhang Kaiyuan, Yang Wei, Liu Chaoxing, Fang Zhentian, Zhou Xiang]
通讯作者:
Zhou Xiang
4-Thiouridine-Enhanced Peroxidase-Generated Biotinylation of RNA.
4-硫尿苷增强的过氧化物酶产生的 RNA 生物素化。
DOI:
10.1002/cbic.202000567
发表时间:
2020
期刊:
ChemBioChem
影响因子:
3.2
作者:
[Huang Jinguo, Zhao Ruiqi, Qin Shanshan, Yang Shixi, Li Wei, Mo Jing, Wang Fang, Du Yuhao, Weng Xiaocheng, Zhou Xiang]
通讯作者:
Zhou Xiang
共 50 条
专题研讨类:化学生物学与健康前沿论坛
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批准号:22242017
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项目类别:专项基金项目
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资助金额:10万元
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批准年份:2022
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负责人:周翔
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依托单位:
G-四链核酸的分子识别机制与功能的研究
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批准号:--
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项目类别:重点项目
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资助金额:300万元
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批准年份:2020
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负责人:周翔
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依托单位:
修饰核酸对信号转导过程的影响研究
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批准号:91413109
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:80.0万元
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批准年份:2014
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负责人:周翔
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依托单位:
小分子与核酸的相互识别和调控作用
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批准号:21432008
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项目类别:重点项目
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资助金额:350.0万元
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批准年份:2014
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负责人:周翔
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依托单位:
以四链核酸为靶标的抗肿瘤药物的设计,合成及生物活性研究
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批准号:81373256
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项目类别:面上项目
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资助金额:90.0万元
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批准年份:2013
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负责人:周翔
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依托单位:
基于配体调控的核酸相关信号通路研究
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批准号:91213302
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:880.0万元
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批准年份:2012
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负责人:周翔
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依托单位:
可诱导核酸交联剂的设计、合成及生物活性研究
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批准号:21072155
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项目类别:面上项目
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资助金额:40.0万元
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批准年份:2010
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负责人:周翔
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依托单位:
以端粒酶为靶标的抗肿瘤候选药物设计合成及活性研究
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批准号:30973605
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项目类别:面上项目
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资助金额:33.0万元
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批准年份:2009
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负责人:周翔
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依托单位:
化学小分子探针对染色体端粒DNA结构、生物学活性及相关信号转导的干预和影响
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批准号:90813031
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:270.0万元
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批准年份:2008
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负责人:周翔
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依托单位:
可诱导的核酸交联剂作为潜在抗肿瘤药物的基础研究
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批准号:20672084
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项目类别:面上项目
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资助金额:32.0万元
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批准年份:2006
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负责人:周翔
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依托单位:
以核酸为靶目标的可诱导的抗肿瘤药物的合成与研究
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批准号:20272046
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项目类别:面上项目
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资助金额:23.0万元
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批准年份:2002
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负责人:周翔
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依托单位:
以核酸为靶目标的抗肿瘤卟啉类药物的合成及性质研究
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批准号:20142001
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项目类别:专项基金项目
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资助金额:6.0万元
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批准年份:2001
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负责人:周翔
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依托单位:
国内基金
海外基金