Diverse alkane hydroxylase genes in microorganisms and environments.
Diverse alkane hydroxylase genes in microorganisms and environments.
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微生物和环境中的多种烷烃羟化酶基因
DOI：
10.1038/srep04968
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发表时间：
2014-05-15
影响因子：
4.6
通讯作者：
Wu XL
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Nie Y;Chi CQ;Fang H;Liang JL;Lu SL;Lai GL;Tang YQ;Wu XL
AlkB和CYP 153是石油污染环境生物修复和微生物采油中重要的烷烃羟基化酶，负责好氧烷烃降解。由于它们在自然界中的分布尚不清楚，我们对迄今为止测序的3，979个微生物基因组和137个来自陆地，淡水和海洋环境的宏基因组进行了调查。在细菌基因组中发现了数百个不同的CYP 153基因，其中包括许多新的基因，而在古细菌基因组中没有发现。此外，这些基因在陆地、淡水和海洋宏基因组中以不同的分布模式被检测到。发现了水平基因转移、基因复制和基因融合的线索，这些可能共同负责alk-CYP 153基因适应自然界中不同烷烃的普遍分布。此外，这些基因在细菌基因组和宏基因组之间的不同分布表明了自然界中未知或不太常见的烷烃降解剂的潜在重要作用。
AlkB and CYP153 are important alkane hydroxylases responsible for aerobic alkane degradation in bioremediation of oil-polluted environments and microbial enhanced oil recovery. Since their distribution in nature is not clear, we made the investigation among thus-far sequenced 3,979 microbial genomes and 137 metagenomes from terrestrial, freshwater and marine environments. Hundreds of diversealkBand CYP153 genes including many novel ones were found in bacterial genomes, whereas none were found in archaeal genomes. Moreover, these genes were detected with different distributional patterns in the terrestrial, freshwater and marine metagenomes. Hints for horizontal gene transfer, gene duplication and gene fusion were found, which together are likely responsible for diversifying thealkBand CYP153 genes adapt to the ubiquitous distribution of different alkanes in nature. In addition, different distributions of these genes between bacterial genomes and metagenomes suggested the potentially important roles of unknown or less common alkane degraders in nature.
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影响因子：
14.9
作者：
Ludwig, W;Strunk, O;Schleifer, KH
通讯作者：
Schleifer, KH
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作者：
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Wu, Xiao-Lei
影响因子：
14.9
作者：
Cole JR;Wang Q;Cardenas E;Fish J;Chai B;Farris RJ;Kulam-Syed-Mohideen AS;McGarrell DM;Marsh T;Garrity GM;Tiedje JM
通讯作者：
Tiedje JM
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2.8
作者：
Dembitsky, VM;Srebnik, M
通讯作者：
Srebnik, M
DOI：
10.1073/pnas.0503528102
发表时间：
2005-08-09
影响因子：
11.1
作者：
Jones, CD;Begun, DJ
通讯作者：
Begun, DJ