Functional genomics of tomato in a post-genome-sequencing phase.
Functional genomics of tomato in a post-genome-sequencing phase.
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DOI：
10.1270/jsbbs.63.14
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发表时间：
2013-03
期刊：
影响因子：
2.4
通讯作者：
Toyoda A
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Aoki K;Ogata Y;Igarashi K;Yano K;Nagasaki H;Kaminuma E;Toyoda A
番茄基因组测序项目的完成对番茄和茄科植物的遗传和基因组研究产生广泛影响。源自番茄品种“Heinz 1706”的参考基因组序列是基于测序的番茄基因组学方法的坚实基础。在本文中，我们首先对基因组测序项目进行了简要总结，并对参考基因组序列进行了总结。然后，我们重点关注转录组测序和小 RNA 测序方面的最新进展，并展示参考基因组序列如何使这些分析比以前更全面。我们讨论了基于 DNA 甲基化组测序和转录起始位点检测的深入分析的潜力。最后，我们描述了对番茄品种进行重测序的现状，以证明重测序如何能够利用种内基因组多样性进行详细的表型分析和育种。
Completion of tomato genome sequencing project has broad impacts on genetic and genomic studies of tomato and Solanaceae plants. The reference genome sequence derived from Solanum lycopersicum cv ‘Heinz 1706’ serves as the firm basis for sequencing-based approaches to tomato genomics. In this article, we first present a brief summary of the genome sequencing project and a summary of the reference genome sequence. We then focus on recent progress in transcriptome sequencing and small RNA sequencing and show how the reference genome sequence makes these analyses more comprehensive than before. We discuss the potential of in-depth analysis that is based on DNA methylome sequencing and transcription start-site detection. Finally, we describe the current status of efforts to resequence S. lycopersicum cultivars to demonstrate how resequencing can allow the use of intraspecific genomic diversity for detailed phenotyping and breeding.
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