In silico analysis of transcription factor repertoire and prediction of stress responsive transcription factors in soybean.
In silico analysis of transcription factor repertoire and prediction of stress responsive transcription factors in soybean.
复制标题
DOI：
10.1093/dnares/dsp023
复制
发表时间：
2009-12
期刊：
影响因子：
--
通讯作者：
Tran LS
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Mochida K;Yoshida T;Sakurai T;Yamaguchi-Shinozaki K;Shinozaki K;Tran LS
序列特异性DNA结合转录因子（TF）通常被称为“主调节因子”，其结合DNA并激活或抑制基因转录。我们已经计算分析了大豆基因组序列数据，并构建了一个合适的一组TF的基础上的隐马尔可夫模型的DNA结合域家族的配置文件。在大豆基因组中，我们确定了4342个位点编码5035 TF模型，分为61个家庭。我们构建了一个名为拟南芥TFDB（）的数据库，该数据库包含大豆转录因子的完整汇编和重要信息，如：功能基序，全长cDNA，结构域比对，启动子区域，基因组组织和推定的调控功能，基于与拟南芥的比较分析推断的基因本体（GO）注释。特别感兴趣的非生物胁迫信号，我们分析了所有的TF编码基因的启动子区域作为一种手段，以确定非生物胁迫响应顺式元件，以及所有类型的顺式基序提供的PLACE数据库。ESTBEANTFDB使科学家能够轻松访问顺式元件和GO注释，以帮助预测TF功能和选择具有感兴趣功能的TF。本研究提供了一个基本框架和一个重要的用户友好的公共信息资源，使大豆转录调控的分析。
Sequence-specific DNA-binding transcription factors (TFs) are often termed as ‘master regulators’ which bind to DNA and either activate or repress gene transcription. We have computationally analysed the soybean genome sequence data and constructed a proper set of TFs based on the Hidden Markov Model profiles of DNA-binding domain families. Within the soybean genome, we identified 4342 loci encoding 5035 TF models which grouped into 61 families. We constructed a database named SoybeanTFDB () containing the full compilation of soybean TFs and significant information such as: functional motifs, full-length cDNAs, domain alignments, promoter regions, genomic organization and putative regulatory functions based on annotations of gene ontology (GO) inferred by comparative analysis with Arabidopsis. With particular interest in abiotic stress signalling, we analysed the promoter regions for all of the TF encoding genes as a means to identify abiotic stress responsive cis-elements as well as all types of cis-motifs provided by the PLACE database. SoybeanTFDB enables scientists to easily access cis-element and GO annotations to aid in the prediction of TF function and selection of TFs with functions of interest. This study provides a basic framework and an important user-friendly public information resource which enables analyses of transcriptional regulation in soybean.
登录
查看更多内容
影响因子：
9.8
作者：
Nemhauser JL;Mockler TC;Chory J
通讯作者：
Chory J
影响因子：
5.8
作者：
Adryan, Boris;Teichmann, Sarah A.
通讯作者：
Teichmann, Sarah A.
影响因子：
7.4
作者：
Graham, PH;Vance, CP
通讯作者：
Vance, CP
影响因子：
64.8
作者：
Bustamante, CD;Fledel-Alon, A;Clark, AG
通讯作者：
Clark, AG
影响因子：
56.9
作者：
Gray, PA;Fu, H;Ma, QF
通讯作者：
Ma, QF