iPath2.0: interactive pathway explorer.
iPath2.0: interactive pathway explorer.
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iPath2.0：交互式路径浏览器。
DOI：
10.1093/nar/gkr313
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发表时间：
2011-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Bork P
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Yamada T;Letunic I;Okuda S;Kanehisa M;Bork P
iPath2.0是一种基于网络的工具（pathways.embl.de），用于细胞通路的可视化和分析。它的主要图谱总结了迄今为止注释的生物系统中的代谢。图中的节点对应于各种化学化合物，边缘代表一系列酶促反应。在另外两个图谱中，iPath2.0提供了次级代谢物生物合成的概述以及重要调控途径和其他功能模块的精选，从而可以更全面地概述基因组或宏基因组中的蛋白质功能。iPath2.0的主界面是一个基于Flash的交互式查看器，它允许用户轻松地导航和探索复杂的路径地图。除了默认的预先计算的概览图之外，iPath还提供了几个数据映射工具。用户可以上传各种类型的数据，并完全自定义的所有节点和边的iPath2.0的地图。这些定制的图谱为用户提供了自己数据的直观概览，指导了各种基因组学和宏基因组学项目的分析。
iPath2.0 is a web-based tool (http://pathways.embl.de) for the visualization and analysis of cellular pathways. Its primary map summarizes the metabolism in biological systems as annotated to date. Nodes in the map correspond to various chemical compounds and edges represent series of enzymatic reactions. In two other maps, iPath2.0 provides an overview of secondary metabolite biosynthesis and a hand-picked selection of important regulatory pathways and other functional modules, allowing a more general overview of protein functions in a genome or metagenome. iPath2.0′s main interface is an interactive Flash-based viewer, which allows users to easily navigate and explore the complex pathway maps. In addition to the default pre-computed overview maps, iPath offers several data mapping tools. Users can upload various types of data and completely customize all nodes and edges of iPath2.0′s maps. These customized maps give users an intuitive overview of their own data, guiding the analysis of various genomics and metagenomics projects.
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影响因子：
64.8
作者：
通讯作者：
--
DOI：
10.1073/pnas.0808022106
发表时间：
2009-02-03
影响因子：
11.1
作者：
Gianoulis, Tara A.;Raes, Jeroen;Gerstein, Mark B.
通讯作者：
Gerstein, Mark B.
影响因子：
56.9
作者：
Gill, Steven R.;Pop, Mihai;Nelson, Karen E.
通讯作者：
Nelson, Karen E.
DOI：
10.1126/science.1197761
发表时间：
2011-02-04
期刊：
Science (New York, N.Y.)
影响因子：
--
作者：
Colbourne JK;Pfrender ME;Gilbert D;Thomas WK;Tucker A;Oakley TH;Tokishita S;Aerts A;Arnold GJ;Basu MK;Bauer DJ;Cáceres CE;Carmel L;Casola C;Choi JH;Detter JC;Dong Q;Dusheyko S;Eads BD;Fröhlich T;Geiler-Samerotte KA;Gerlach D;Hatcher P;Jogdeo S;Krijgsveld J;Kriventseva EV;Kültz D;Laforsch C;Lindquist E;Lopez J;Manak JR;Muller J;Pangilinan J;Patwardhan RP;Pitluck S;Pritham EJ;Rechtsteiner A;Rho M;Rogozin IB;Sakarya O;Salamov A;Schaack S;Shapiro H;Shiga Y;Skalitzky C;Smith Z;Souvorov A;Sung W;Tang Z;Tsuchiya D;Tu H;Vos H;Wang M;Wolf YI;Yamagata H;Yamada T;Ye Y;Shaw JR;Andrews J;Crease TJ;Tang H;Lucas SM;Robertson HM;Bork P;Koonin EV;Zdobnov EM;Grigoriev IV;Lynch M;Boore JL
通讯作者：
Boore JL
影响因子：
5.8
作者：
Arumugam, Manimozhiyan;Harrington, Eoghan D.;Bork, Peer
通讯作者：
Bork, Peer