Reverse footprint - Analyse der Kontakte in DNA-Protein-Komplexen

我们已经建立了一种反向足迹技术，通过帮助识别韦尔登的蛋白质，直接用特定的DNA-底物识别蛋白质。这是非常明显的，通过这种技术来检测DNA结合区的核释放的细节，在GTP-结合McrBC限制性释放和ATP-结合MutHLS DNA修复系统的基础上，建立了一个甲基化的新系统。通过GTP-bzw标记半甲基化DNA。ATP-水解Spalten。我们将用激光诱导光交联的方法对蛋白质的子区域进行光交联，使其直接与DNA结合，使其在反应中产生更好的反应，并使其成为更好的组分。在一台脉冲流动装置上进行光交联实验，也是韦尔登的一部分。在这方面也有韦尔登的地方，就像McrBC一样。许多人认为DNA的反应是由最初的反应形成的，因此DNA的反应可以被认为是一种很好的反应。

Wir haben eine sogenannte reverse footprint Technik etabliert, mit deren Hilfe die Aminosäurereste eines Proteins identifziert werden können, die direkt an der Wechselwirkung eines Proteins mit seinem spezifischen DNA-Substrat beteiligt sind. Es ist beabsichtigt, mit dieser Technik die DNA-Bindungsregion verschiedener Nukleasen im Detail zu charakterisieren, insbesondere bei der GTP-abhängigen McrBC Restriktionsendonuklease und dem ATP-abhänigigen MutHLS DNA-Reparatursystem, die beide methylierte bzw. hemimethylierte DNA erkennen und die DNA unter GTP-bzw. ATP-Hydrolyse spalten. Wir wollen mit Hilfe von laserinduzierten photocrosslinks die Regionen der Proteine sondieren, die sich im direkten Kontakt mit der DNA befinden und eruieren, wieweit sich diese Kontakte im Zuge der Reaktion, an der mehrere Komponenten beteiligt sind, verändern. Dazu sollen unter Verwendung einer pulsed flow Apparatur auch zeitaufgelöste photocrosslink Experimente durchgeführt werden. In diesem Zusammenhang soll auch geklärt werden, wie sich McrBC bzw. MutHLS während der Reaktion auf der DNA bewegen, um von der initialen Erkennungstelle zu der weit entfernten Schnittstelle zu gelangen.