Development of a estimation method for difference of functional sites among splicing isoforms
Development of a estimation method for difference of functional sites among splicing isoforms
批准号:
23770187
负责人:
SHIONYU Masafumi
金额:
$2.58万
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份:
2011
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2011 至 2012
中文摘要
尽管多种剪接异构体都是通过选择性剪接产生的,但研究剪接异构体功能的剪接异构体比已知的剪接异构体序列数据要少得多。因此,我开发了一种管道,可以估计剪接异构体的功能意义。利用这条管道,我估计了剪接异构体的功能意义,这些剪接异构体失去了对形成疏水核心非常重要的部分,似乎不稳定。结果表明,约有20%的这种剪接异构体具有重要的功能。
英文摘要
Although many kinds of splicing isoforms are produced by alternative splicing, splicing isoforms whose functions are investigated are much fewer than all known sequence data of splicing isoforms. Therefore, I developed a pipeline that can estimate a functional significance of splicing isoforms. Using the pipeline, I estimated the functional significance of splicing isoforms that lost their parts important for forming hydrophobic core and seemed not to be stable. As a result, it is suggested that about 20% of such splicing isoform are functionally significant.
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AS-EAST: a functional annotation tool for putative proteins encoded by alternatively spliced transcripts.
AS-EAST:推定蛋白质的功能注释工具,该蛋白质由剪接的转录本编码。
DOI:
10.1093/bioinformatics/bts320
发表时间:
2012-08-01
期刊:
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子:
--
作者:
[Shionyu M, Takahashi K, Go M]
通讯作者:
Go M
池田志織, 高橋健一, 塩生真史
池田诗织、高桥健一、盐尾正史
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Mukaiyama A, Nakamura T, Makabe K, Maki K, Goto Y, Kuwajima K., 保存された選択的スプライシングがタンパク質疎水性コアに与える影響の解析]
通讯作者:
保存された選択的スプライシングがタンパク質疎水性コアに与える影響の解析
AS-EAST: a web tool for functional annotation of protein isoforms produced by alternative splicing
AS-EAST:用于对选择性剪接产生的蛋白质亚型进行功能注释的网络工具
DOI:
--
发表时间:
2011
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Masafumi Shionyu, Ken-ichi Takahashi, Mitiko Go]
通讯作者:
Mitiko Go
タンパク質立体構造の疎水性コアに対する選択的スプライシングの影響
选择性剪接对蛋白质构象疏水核心的影响
DOI:
--
发表时间:
2011
期刊:
影响因子:
--
作者:
[池田志織, 高橋健一, 塩生真史]
通讯作者:
塩生真史
Conservation and expression analyses of splicing isoforms lacking part of the hydrophobic core
缺少部分疏水核心的剪接异构体的保守性和表达分析
DOI:
--
发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Shiori Ikeda, Ken-ichi Takahashi, Masafumi Shionyu]
通讯作者:
Masafumi Shionyu
共 17 条
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