课题基金 / 基金详情

Bioinformatics Studies of Human Viruses

Bioinformatics Studies of Human Viruses
人类病毒的生物信息学研究
批准号：
10007524
负责人：
John Spouge
金额：
$59.42万
依托单位：
NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
--
资助国家：
美国
项目状态：
未结题
起止时间：
至
来源：
https://reporter.nih.gov/project-details/10007524
关键词：
AmericanBioinformaticsClinicalDataDatabasesEpidemicHIVHumanInfectionMethodsProteinsRNASIVViralViral PhysiologyViral ProteinsVirionViruscomputerized toolsenv Gene Productsnef Genesstatisticsvirology

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中文摘要
翻译
在研究了SIV感染的Env蛋白特异性特征残基的统计数据，并通过计算确定SIV感染的创始病毒与普通接种物中的典型病毒粒子有显著差异后，我们研究了北美HIV流行期间Nef基因及其RNA的变化。利用临床序列数据，Manzourolajdad博士发现Nef基因已经系统地进化，并增加了Nef RNA中可选择折叠的可能性。因此，我们开发了通用的计算工具来识别核糖开关中的替代折叠，以帮助识别开关和相应的RNA亚结构。
英文摘要
Having studied the statistics of the specific signature residues in the Env protein for SIV infection, and having determined by computation that the founder viruses of the SIV infection differ significantly from the typical virions in the stock inoculum, we examined the changes in the Nef gene and its RNA during the North American HIV epidemic. Using clinical sequence data, Dr Manzourolajdad discovered that the Nef gene had systematically evolved and increased the possibility of alternative folds in Nef RNA. Consequently, we developed general computational tools for identifying alternative folds in riboswitches, to aid in the identification of switches and the corresponding RNA substructures.
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会议论文
Bioinformatics Studies of Human Viruses
  • 批准号：
    10471119
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $16.98万
  • 财政年份：
    --
  • 负责人：
    John Spouge
  • 依托单位：
    NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE
Taxonomics Methods Using DNA
  • 批准号：
    10471121
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $7.49万
  • 财政年份：
    --
  • 负责人：
    John Spouge
  • 依托单位：
    NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE
Quantitation Of Viral Reproduction
  • 批准号：
    7969216
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $2.76万
  • 财政年份：
    --
  • 负责人：
    John Spouge
  • 依托单位：
    NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE
Global Alignment of Protein Sequences with Position-Specific Scoring Matrices.
  • 批准号：
    8558118
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $6.51万
  • 财政年份：
    --
  • 负责人：
    John Spouge
  • 依托单位：
    NATIONAL LIBRARY OF MEDICINE
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