MFEprimer-2.0: a fast thermodynamics-based program for checking PCR primer specificity.
MFEprimer-2.0: a fast thermodynamics-based program for checking PCR primer specificity.
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MFEprimer-2.0：一种基于热力学的快速程序，用于检查 PCR 引物特异性
DOI：
10.1093/nar/gks552
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发表时间：
2012-07
影响因子：
14.9
通讯作者：
Zhang C
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Qu W;Zhou Y;Zhang Y;Lu Y;Wang X;Zhao D;Yang Y;Zhang C
评价聚合酶链反应（PCR）引物的特异性是PCR引物设计的重要步骤。MFEprimer-2.0服务器允许用户快速、轻松地检查引物对基因组DNA和信使RNA/互补DNA序列数据库的特异性。MFEprimer-2.0使用k-mer索引算法加速引物结合位点的搜索过程，并使用热力学评估每个引物与其DNA模板之间的结合稳定性。在结果页上报告了几个重要特征，例如每个扩增子的序列、解链温度和大小（特异性或非特异性）。基于这些特征和用户友好的输出，用户可以很容易地得出关于PCR引物特异性的结论。MFEprimer-2.0还支持简并引物和多重PCR引物的分析。此外，MFEprimer-2.0支持的数据库非常全面，还可以根据要求支持自定义数据库。MFEprimer-2.0服务器不需要登录，可以在http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/MFEprimer-2.0上免费获得。此外，MFEprimer-2.0命令行版本和本地服务器版本都是开源的，可以从https://github.com/quwubin/MFEprimer/wiki/Manual/下载。
Evaluating the specificity of polymerase chain reaction (PCR) primers is an essential step in PCR primer design. The MFEprimer-2.0 server allows users to check primer specificity against genomic DNA and messenger RNA/complementary DNA sequence databases quickly and easily. MFEprimer-2.0 uses a k-mer index algorithm to accelerate the search process for primer binding sites and uses thermodynamics to evaluate binding stability between each primer and its DNA template. Several important characteristics, such as the sequence, melting temperature and size of each amplicon, either specific or non-specific, are reported on the results page. Based on these characteristics and the user-friendly output, users can readily draw conclusions about the specificity of PCR primers. Analyses for degenerate primers and multiple PCR primers are also supported in MFEprimer-2.0. In addition, the databases supported by MFEprimer-2.0 are comprehensive, and custom databases can also be supported on request. The MFEprimer-2.0 server does not require a login and is freely available at http://biocompute.bmi.ac.cn/CZlab/MFEprimer-2.0. More over, the MFEprimer-2.0 command-line version and local server version are open source and can be downloaded at https://github.com/quwubin/MFEprimer/wiki/Manual/.
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