Population genetics of Enterocytozoon bieneusi in captive giant pandas of China.
Population genetics of Enterocytozoon bieneusi in captive giant pandas of China.
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DOI：
10.1186/s13071-017-2459-z
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发表时间：
2017-10-18
影响因子：
3.2
通讯作者：
Peng G
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Li W;Song Y;Zhong Z;Huang X;Wang C;Li C;Yang H;Liu H;Ren Z;Lan J;Wu K;Peng G
大多数关于比氏肠胞虫的研究是基于rRNA基因的内转录间隔区（ITS）进行的，而有些研究则是基于E。bieneusi人口结构。目前，该病原体在大熊猫中的群体遗传学尚不清楚。本研究的目的是确定E.中国圈养大熊猫中的bieneusi种群。我们检查了69 E。利用ITS、MS1、MS3、MS4和MS7 5个基因座对中国圈养大熊猫的E. bieneusi种群遗传学对E.对48、45、50和47份bieneusi阳性分离株的MS1、MS3、MS4和MS7微卫星和小卫星位点进行扩增和测序，分别产生10、8、9和5种类型。我们成功地扩增了36个样本，并测序了所有5个位点，形成24个MLG。多位点序列分析显示，一个强大的和显着的连锁不平衡（LD），表明克隆人口。这一结果进一步得到了成对基因间LD和来自等位基因谱数据的标准化关联指数（ISA）的测量的支持。结构分析表明，E. bieneusi，进一步证实使用右的固定指数（F ST）。亚群1和2表现出流行结构，而亚群3具有克隆结构。我们的结果描述了E.首次在大熊猫中进行了bieneusi群体遗传学研究，提高了目前对E. bieneusi流行病学在研究区域。这些数据也有利于未来的研究，探索大熊猫向包括人类在内的其他动物的潜在传播风险。
Most studies on Enterocytozoon bieneusi are conducted based on the internal transcribed spacer (ITS) region of the rRNA gene, whereas some have examined E. bieneusi population structures. Currently, the population genetics of this pathogen in giant panda remains unknown. The objective of this study was to determine the E. bieneusi population in captive giant pandas in China. We examined 69 E. bieneusi-positive specimens from captive giant pandas in China using five loci (ITS, MS1, MS3, MS4 and MS7) to infer E. bieneusi population genetics. For multilocus genotype (MLG) analysis of E. bieneusi-positive isolates, the MS1, MS3, MS4, and MS7 microsatellite and minisatellite loci were amplified and sequenced in 48, 45, 50 and 47 specimens, respectively, generating ten, eight, nine and five types. We successfully amplified 36 specimens and sequenced all five loci, forming 24 MLGs. Multilocus sequence analysis revealed a strong and significant linkage disequilibrium (LD), indicating a clonal population. This result was further supported by measurements of pairwise intergenic LD and a standardized index of association (I S A) from allelic profile data. The analysis in STRUCTURE suggested three subpopulations in E. bieneusi, further confirmed using right’s fixation index (F ST). Subpopulations 1 and 2 exhibited an epidemic structure, whereas subpopulation 3 had a clonal structure. Our results describe E. bieneusi population genetics in giant pandas for the first time, improving the current understanding E. bieneusi epidemiology in the studied region. These data also benefit future studies exploring potential transmission risks from pandas to other animals, including humans.
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