The 2011 Nucleic Acids Research Database Issue and the online Molecular Biology Database Collection.
The 2011 Nucleic Acids Research Database Issue and the online Molecular Biology Database Collection.
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DOI：
10.1093/nar/gkq1243
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发表时间：
2011-01
影响因子：
14.9
通讯作者：
Cochrane GR
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Galperin MY;Cochrane GR
目前第18期的《核酸研究数据库》介绍了96个新数据库和83个更新的在线数据库，涵盖了分子生物学的各个领域。它包括两篇社论，一篇是讨论COMBREX的，这是一个新的令人兴奋的项目，旨在弄清楚“保守的假设”蛋白质的功能；另一篇是关于BioDBcore的，这是对“关于生物数据库的最少信息”的拟议描述。国际核苷酸序列数据库协作(INSDC)成员的论文描述了每个参与的数据库，DDBJ、ENA和GenBank，协作内数据交换的原则，以及最近建立的序列读取档案。作为数据库寿命的证明，本期包括RNA修饰数据库、蛋白质二级结构定义(DSSP)和同源衍生蛋白质二级结构(HSSP)数据库的更新，这些数据库已经12年没有出现在这里了。还有一大堆论文描述了蛋白质结构数据库的最新进展，例如蛋白质数据库(PDB)、欧洲蛋白质数据库(PDBe)、CATH、超级家族和其他数据库，以及关于蛋白质结构建模、蛋白质-蛋白质相互作用和蛋白质间接触位点组织的数据库。其他亮点包括更新流行的基因表达数据库、GEO和ArrayExpress、几个癌症基因数据库以及对英国PubMed Central项目的详细描述。《核酸研究在线数据库汇编》现在列出了1330个精心挑选的分子生物学数据库，网址为：http://www.oxfordjournals.org/nar/database/a/，。该期数据库的全部内容可在核酸研究网站(http://nar.oxfordjournals.org/).)免费在线查阅
The current 18th Database Issue of Nucleic Acids Research features descriptions of 96 new and 83 updated online databases covering various areas of molecular biology. It includes two editorials, one that discusses COMBREX, a new exciting project aimed at figuring out the functions of the ‘conserved hypothetical’ proteins, and one concerning BioDBcore, a proposed description of the ‘minimal information about a biological database’. Papers from the members of the International Nucleotide Sequence Database collaboration (INSDC) describe each of the participating databases, DDBJ, ENA and GenBank, principles of data exchange within the collaboration, and the recently established Sequence Read Archive. A testament to the longevity of databases, this issue includes updates on the RNA modification database, Definition of Secondary Structure of Proteins (DSSP) and Homology-derived Secondary Structure of Proteins (HSSP) databases, which have not been featured here in >12 years. There is also a block of papers describing recent progress in protein structure databases, such as Protein DataBank (PDB), PDB in Europe (PDBe), CATH, SUPERFAMILY and others, as well as databases on protein structure modeling, protein–protein interactions and the organization of inter-protein contact sites. Other highlights include updates of the popular gene expression databases, GEO and ArrayExpress, several cancer gene databases and a detailed description of the UK PubMed Central project. The Nucleic Acids Research online Database Collection, available at: http://www.oxfordjournals.org/nar/database/a/, now lists 1330 carefully selected molecular biology databases. The full content of the Database Issue is freely available online at the Nucleic Acids Research web site (http://nar.oxfordjournals.org/).
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作者：
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作者：
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Cook KB;Kazan H;Zuberi K;Morris Q;Hughes TR
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Ahmed J;Meinel T;Dunkel M;Murgueitio MS;Adams R;Blasse C;Eckert A;Preissner S;Preissner R
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Kaminuma, Eli;Kosuge, Takehide;Nakamura, Yasukazu
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