Genomic Sequencing of Bordetella pertussis for Epidemiology and Global Surveillance of Whooping Cough.
Genomic Sequencing of Bordetella pertussis for Epidemiology and Global Surveillance of Whooping Cough.
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DOI：
10.3201/eid2406.171464
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发表时间：
2018-06
影响因子：
11.8
通讯作者：
Brisse S
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Bouchez V;Guglielmini J;Dazas M;Landier A;Toubiana J;Guillot S;Criscuolo A;Brisse S
百日咳博德特氏菌引起百日咳，这是一种高度传染性的呼吸道疾病，在世界许多地区重新出现。抗原缺陷株的传播可能会威胁非细胞疫苗的功效。由于当前菌株基因分型方法的缺陷，菌株传播的动力学定义不明确。我们的目标是开发一种全基因组基因分型策略，该策略对当地流行病学问题具有足够的分辨率，并且具有足够的重现性，以便能够对临床分离株进行国际比较。我们定义了包含 2,038 个基因座的核心基因组多位点序列分型方案，并证明了其与全基因组单核苷酸多态性变异的一致性。从同一患者中回收的大多数家庭内分离株组或多个分离株病例可与时间和地理上的共循环分离株区分开来。然而，流行病学上不相关的分离株有时几乎无法区分。我们建立了一个可公开访问的核心基因组多位点序列分型数据库，以实现百日咳博德特氏菌分离株的全球比较，为国际协调监测开辟道路。
Bordetella pertussis causes whooping cough, a highly contagious respiratory disease that is reemerging in many world regions. The spread of antigen-deficient strains may threaten acellular vaccine efficacy. Dynamics of strain transmission are poorly defined because of shortcomings in current strain genotyping methods. Our objective was to develop a whole-genome genotyping strategy with sufficient resolution for local epidemiologic questions and sufficient reproducibility to enable international comparisons of clinical isolates. We defined a core genome multilocus sequence typing scheme comprising 2,038 loci and demonstrated its congruence with whole-genome single-nucleotide polymorphism variation. Most cases of intrafamilial groups of isolates or of multiple isolates recovered from the same patient were distinguished from temporally and geographically cocirculating isolates. However, epidemiologically unrelated isolates were sometimes nearly undistinguishable. We set up a publicly accessible core genome multilocus sequence typing database to enable global comparisons of B. pertussis isolates, opening the way for internationally coordinated surveillance.
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实时全基因组测序，用于法国单核细胞增生李斯特菌的监视。
影响因子：
11.8
作者：
Moura A;Tourdjman M;Leclercq A;Hamelin E;Laurent E;Fredriksen N;Van Cauteren D;Bracq-Dieye H;Thouvenot P;Vales G;Tessaud-Rita N;Maury MM;Alexandru A;Criscuolo A;Quevillon E;Donguy MP;Enouf V;de Valk H;Brisse S;Lecuit M
通讯作者：
Lecuit M
DOI：
10.1007/s10096-014-2297-2
发表时间：
2015-04
影响因子：
4.5
作者：
van Gent, M.;Heuvelman, C. J.;van der Heide, H. G.;Hallander, H. O.;Advani, A.;Guiso, N.;von Konig, C. H. Wirsing;Vestrheim, D. F.;Dalby, T.;Fry, N. K.;Pierard, D.;Detemmerman, L.;Zavadilova, J.;Fabianova, K.;Logan, C.;Habington, A.;Byrne, M.;Lutynska, A.;Mosiej, E.;Pelaz, C.;Grondahl-Yli-Hannuksela, K.;Barkoff, A. M.;Mertsola, J.;Economopoulou, A.;He, Q.;Mooi, F. R.
通讯作者：
Mooi, F. R.
过度抗呼吸和多药的肺炎克隆基团的基因组定义。
影响因子：
11.8
作者：
Bialek-Davenet S;Criscuolo A;Ailloud F;Passet V;Jones L;Delannoy-Vieillard AS;Garin B;Le Hello S;Arlet G;Nicolas-Chanoine MH;Decré D;Brisse S
通讯作者：
Brisse S
影响因子：
9.4
作者：
Advani, Abdolreza;Hallander, Hans O.;He, Qiushui
通讯作者：
He, Qiushui
影响因子：
4.2
作者：
Rocha, E. L.;Leite, D.;Campos, T. A.
通讯作者：
Campos, T. A.