LeafGo: Leaf to Genome, a quick workflow to produce high-quality de novo plant genomes using long-read sequencing technology.
LeafGo: Leaf to Genome, a quick workflow to produce high-quality de novo plant genomes using long-read sequencing technology.
复制标题
Leafgo：Leaf至Genome，一种快速的工作流程，使用长阅读测序技术产生高质量的从头植物基因组。
DOI：
10.1186/s13059-021-02475-z
复制
发表时间：
2021-09-03
期刊：
影响因子：
12.3
通讯作者：
Ermini L
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Driguez P;Bougouffa S;Carty K;Putra A;Jabbari K;Reddy M;Soppe R;Cheung MS;Fukasawa Y;Ermini L
目前，不同的测序平台用于生成植物基因组，并且没有适当开发工作流程来优化时间、成本和组装质量。我们介绍了LeafGo，一个完整的从头植物基因组工作流程，从组织开始，在大约7天内使用一种长读测序技术，利用适度的实验室和生物信息学资源产生基因组。LeafGo使用十种不同的植物物种进行了优化，其中三种用于在没有任何支架技术的情况下生成高质量的染色体水平组装。最后，我们报道了赤桉和赤桉的二倍体基因组。camaldulensis和花生的异源四倍体基因组。在线版本包含补充材料，可通过10.1186/s13059-021-02475-z获得。
Currently, different sequencing platforms are used to generate plant genomes and no workflow has been properly developed to optimize time, cost, and assembly quality. We present LeafGo, a complete de novo plant genome workflow, that starts from tissue and produces genomes with modest laboratory and bioinformatic resources in approximately 7 days and using one long-read sequencing technology. LeafGo is optimized with ten different plant species, three of which are used to generate high-quality chromosome-level assemblies without any scaffolding technologies. Finally, we report the diploid genomes of Eucalyptus rudis and E. camaldulensis and the allotetraploid genome of Arachis hypogaea. The online version contains supplementary material available at 10.1186/s13059-021-02475-z.
登录
查看更多内容
10KP：系统多样性基因组测序计划。
影响因子：
9.2
作者：
Cheng S;Melkonian M;Smith SA;Brockington S;Archibald JM;Delaux PM;Li FW;Melkonian B;Mavrodiev EV;Sun W;Fu Y;Yang H;Soltis DE;Graham SW;Soltis PS;Liu X;Xu X;Wong GK
通讯作者：
Wong GK
影响因子：
48
作者：
Cheng H;Concepcion GT;Feng X;Zhang H;Li H
通讯作者：
Li H
影响因子：
5.1
作者：
Healey A;Furtado A;Cooper T;Henry RJ
通讯作者：
Henry RJ
影响因子：
30.8
作者：
Bertioli, David John;Cannon, Steven B.;Ozias-Akins, Peggy
通讯作者：
Ozias-Akins, Peggy
影响因子：
5.8
作者：
Kokot, Marek;Dlugosz, Maciej;Deorowicz, Sebastian
通讯作者：
Deorowicz, Sebastian