Identification and annotation of small RNA genes using ShortStack.
Identification and annotation of small RNA genes using ShortStack.
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DOI：
10.1016/j.ymeth.2013.10.004
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发表时间：
2014-05-01
期刊：
影响因子：
4.8
通讯作者：
Axtell, Michael J.
中科院分区：
文献类型：
--
作者：
Shahid, Saima;Axtell, Michael J.
内源性小RNA cDNA的高度平行测序（small RNA-seq）是加速了解真核生物中调节性小RNA的关键方法。真核调节小RNA，包括microRNA（miRNAs）、短干扰RNA（siRNA）和Piwi相关RNA（piRNA），通常来源于较长前体RNA的加工。小RNA-seq数据与参考基因组的比对允许推断较长的前体，从而注释产生小RNA的基因。ShortStack是一个程序，开发用于全面分析参考比对的小RNA-seq数据，并输出因果小RNA产生基因的详细和有用的注释。在这里，我们提供了ShortStack使用的分步教程，目的是向新用户介绍该软件并指出一些常见的陷阱。
Highly parallel sequencing of cDNA derived from endogenous small RNAs (small RNA-seq) is a key method that has accelerated understanding of regulatory small RNAs in eukaryotes. Eukaryotic regulatory small RNAs, which include microRNAs (miRNAs), short interfering RNAs (siRNAs), and Piwi-associated RNAs (piRNAs), typically derive from the processing of longer precursor RNAs. Alignment of small RNA-seq data to a reference genome allows the inference of the longer precursor and thus the annotation of small RNA producing genes. ShortStack is a program that was developed to comprehensively analyze reference-aligned small RNA-seq data, and output detailed and useful annotations of the causal small RNA-producing genes. Here, we provide a step- by-step tutorial of ShortStack usage with the goal of introducing new users to the software and pointing out some common pitfalls.
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影响因子：
14.9
作者：
Kozomara A;Griffiths-Jones S
通讯作者：
Griffiths-Jones S
DOI：
10.1186/1748-7188-6-26
发表时间：
2011-11-24
期刊：
Algorithms for molecular biology : AMB
影响因子：
--
作者：
Lorenz R;Bernhart SH;Höner Zu Siederdissen C;Tafer H;Flamm C;Stadler PF;Hofacker IL
通讯作者：
Hofacker IL
影响因子：
12.3
作者：
Langmead B;Trapnell C;Pop M;Salzberg SL
通讯作者：
Salzberg SL
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影响因子：
14.9
作者：
Li Y;Zhang Z;Liu F;Vongsangnak W;Jing Q;Shen B
通讯作者：
Shen B
影响因子：
14.9
作者：
Goodstein DM;Shu S;Howson R;Neupane R;Hayes RD;Fazo J;Mitros T;Dirks W;Hellsten U;Putnam N;Rokhsar DS
通讯作者：
Rokhsar DS