SGER: Discovering Novel Bacterial Metabolic Genes using Differential Display

SGER：利用差异显示发现新型细菌代谢基因

• 批准号: 9870645
• 负责人: Lee Kerkhof
• 金额: $ 1万
• 依托单位: Rutgers University New Brunswick
• 依托单位国家: 美国
• 项目类别: Standard Grant
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 美国
• 起止时间: 1998-09-01 至 2000-08-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://www.nsf.gov/awardsearch/showAward?AWD_ID=9870645&HistoricalAwards=false
• 关键词: SGER; Discovering; Novel; Bacterial; Metabolic

KerkhofA direct way of identifying novel genes being expressed in mixed culture or the environment is needed. The goal of this SGER is to adapt and verify the differential display (DD) method (Liang and Pardee, 1992), originally developed for eukaryotic systems, for use in microbial biology research. A recently designed priming set based on E. coli coding sequence (Fislage et al., 1996) will be tested using other Proteobacteria and the nitrous oxide reductase (nos) gene as a target. Alternatively, a new priming set for DD will be designed using the complete genomes of various eubacteria available in Genbank and other repositories. This research represents one of the only ways to discover novel genes in consortia or the environment that can not be detected using traditional approaches.

Kerkhof 需要一种直接的方法来识别在混合培养物或环境中表达的新基因。 该 SGER 的目标是调整和验证最初为真核系统开发的差异显示 (DD) 方法（Liang 和 Pardee，1992），用于微生物生物学研究。 最近设计的基于大肠杆菌编码序列（Fislage 等人，1996）的启动组将使用其他变形菌和一氧化二氮还原酶（nos）基因作为目标进行测试。 或者，将使用 Genbank 和其他存储库中提供的各种真细菌的完整基因组来设计新的 DD 引发组。 这项研究代表了在联合体或环境中发现使用传统方法无法检测到的新基因的唯一方法之一。