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Enhancement of peptide binding to MHC class I molecules by small compounds - a combined biochemical and computational investigation

小化合物增强肽与 MHC I 类分子的结合——生化和计算相结合的研究

基本信息

批准号：
161303304
负责人：
Professor Dr. Sebastian Springer
金额：
--
依托单位：
Lehrstuhl für Theoretische Biophysik - Molekulardynamik
依托单位国家：
德国
项目类别：
Research Grants
财政年份：
2010
资助国家：
德国
起止时间：
2009-12-31 至 2014-12-31
项目状态：
已结题

来源：
https://gepris.dfg.de/gepris/projekt/161303304?language=en
关键词：
Enhancement peptide binding MHC class

项目摘要

In this application, we propose to investigate a novel mechanism for enhancing the binding of antigenic peptides to Major Histocompatibility Complex (MHC)1 class I molecules, which we have discovered in our in vitro model system for loading class I molecules with peptides in the lumen of microsomal membranes. This enhancement effect has promising potential applications in basic research and in immunotherapy. We will first aim to better understand the enhancement effect and use it to elucidate the mechanism of peptide binding to class I molecules under physiological conditions. Second, based on the structures of successful peptides and their pharmacophores with respect to the enhancement effect, we will screen a large number of nonpeptidic small molecules to find a peptidomimetic enhancer of peptide binding to class I. Both approaches rely on close cooperation of computational and laboratory investigations.

在本申请中，我们建议研究一种新的机制，用于增强抗原肽与主要组织相容性复合物（MHC）1 I类分子的结合，我们已经发现在我们的体外模型系统中加载I类分子与微粒体膜内腔中的肽。这种增强效应在基础研究和免疫治疗中具有潜在的应用前景。我们将首先致力于更好地理解增强效应，并利用它来阐明在生理条件下肽与I类分子结合的机制。其次，基于成功肽的结构及其药效团的增强效应，我们将筛选大量的非肽小分子，以找到肽结合I类的拟肽增强剂。这两种方法都依赖于计算和实验室研究的密切合作。

项目成果

期刊论文数量（7）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Hamiltonian replica‐exchange simulations with adaptive biasing of peptide backbone and side chain dihedral angles

DOI：
10.1002/jcc.23476
发表时间：
2014-01
期刊：
Journal of Computational Chemistry
影响因子：
3
作者：
Katja Ostermeir;M. Zacharias
通讯作者：
Katja Ostermeir;M. Zacharias

Dipeptides promote folding and peptide binding of MHC class I molecules

DOI：
10.1073/pnas.1308672110
发表时间：
2013-09
期刊：
Proceedings of the National Academy of Sciences
影响因子：
0
作者：
S. Saini;Katja Ostermeir;V. Ramnarayan;H. Schuster;M. Zacharias;S. Springer
通讯作者：
S. Saini;Katja Ostermeir;V. Ramnarayan;H. Schuster;M. Zacharias;S. Springer

Rapid alchemical free energy calculation employing a generalized born implicit solvent model.