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Entwicklung und Evaluation von effizienten und genauen theoretischen Methoden zur Berechnung Raman Spektren von Kofaktoren in Proteinen

Entwicklung und Evaluation von effizienten und genauen theoretischen Methoden zur Berechnung Raman Spektren von Kofaktoren in Proteinen
开发和评估计算蛋白质中辅因子拉曼光谱的高效准确的理论方法
批准号:
197254636
负责人:
Professor Dr. Marcus Elstner
金额:
$0.0万
依托单位国家:
德国
项目类别:
Research Grants
财政年份:
2011
资助国家:
德国
项目状态:
已结题
起止时间:
2010-12-31 至 2015-12-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
实验共振- ramanspektren gewähren爱因斯坦在结构,动力学和功能方面的蛋白质- kofaktoren, die in dieser Weise nicht durch和ere spectrtroskopische方法zugänglich sind, da sie eine选择性Anregung von Schwingungsmoden des Kofaktors erlauben。理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析与解释:理论分析:方法:理论分析:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法:方法。[3] [1] [1] [1] [1] [2]Dennoch sind viele der z. z. angewendeten theoretical titischen Methoden unzureichen, da sie die umgebungseinflencse und dynamicchen Effekte night hinreichend bercksictigen。染料中含有<s:1> r蛋白,染料中含有可弯曲的Kofaktoren盐,染料中含有光敏色素。在动力学和动力学方面的研究进展:在动力学和动力学方面的研究进展;在动力学和动力学方面的研究进展;在动力学和动力学方面的研究进展。[2] [1] [j] [j] [j] [j] . zeitkorrelationsfuncktionsanatz (FTTCF) .] [d] . DFT (Seif Consistent Charge-Density Functional Tight Binding: SCC-DFTB)。]关键词:量子力学与分子力学;量子力学与分子力学;量子力学;[2] [1] [2] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1] [1]大鼠的FTTCF-basierten Verfahren mit anderen Methoden和verfgaren实验数据显示,weiterkorftor - proteine ausgiest。
英文摘要
Experimentelle Resonanz-Ramanspektren gewähren Einsichten in die Struktur, Dynamik und Funktion von Protein-Kofaktoren, die in dieser Weise nicht durch andere spektroskopische Methoden zugänglich sind, da sie eine selektive Anregung von Schwingungsmoden des Kofaktors erlauben. Dennoch ist die Analyse und Interpretation der oft komplexen Daten sehr schwierig, hier hat sich die Unterstützung durch theoretische Methoden als überaus fruchtbar erwiesen. Sie erlauben im Prinzip die Zuordnung einzelner Banden des Spektrums zu Schwingungsmoden des Kofaktormoleküls. Dennoch sind viele der z. Z. angewendeten theoretischen Methoden unzureichend, da sie die Umgebungseinflüsse und dynamischen Effekte nicht hinreichend berücksichtigen. Dies gilt insbesondere für Proteine, die große und sehr flexible Kofaktoren enthalten, wie etwa die Phytochrome. Daher liegt das Ziel dieses Antrags in der Entwicklung und Anwendung von theoretischen Methoden, die effizient genug sind dynamische- und Umgebungseffekte In die Berechnung von Ramanspektren mit hinreichender Genauigkeit einzubeziehen. Dazu soll ein Zeitkorrelationsfunktionsansatz (FTTCF) mit Dichtefunktionaltheorie (DFT) und genäherten DFT (Seif Consistent Charge-Density Functional Tight Binding: SCC-DFTB) Rechnungen kombiniert werden. Die Umgebungseinflüsse werden dabei durch Verwendung eines sogenannten quantenmechanisch/ molekülmechanischen (QM/MM) Hybridansatzes berücksichtigt. Als ein weiteres Ziel soll damit eine gut dokumentierte und umfangreich getestete Methodik etabliert werden, die für routinemäßige Berechnungen von Ramanspektren solch komplexer Systeme verwendet werden kann. Dazu werden diese FTTCF-basierten Verfahren mit anderen Methoden und verfügbaren experimentellen Daten unter Einbeziehung einer Reihe weiterer Korfaktor-Proteine ausgiebig getestet.
期刊论文(6)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Improved electronic properties from third-order SCC-DFTB with cost efficient post-SCF extensions.
通过具有成本效益的后 SCF 扩展,改善了三阶 SCC-DFTB 的电子特性
DOI: 10.1021/jp307264f
发表时间: 2012
期刊: The journal of physical chemistry. A
影响因子: --
作者: [Kaminski S.M. Gaus, Elstner]
通讯作者: Elstner
QM/MM simulations of vibrational spectra of bacteriorhodopsin and channelrhodopsin-2.
细菌视紫红质和通道视紫红质-2 振动光谱的 QM/MM 模拟
DOI: 10.1039/c3cp44181d
发表时间: 2013
期刊: Physical chemistry chemical physics : PCCP
影响因子: --
作者: [K. Welke, H. C. Watanabe, T. Wolter, M. Gaus, M. Elstner]
通讯作者: M. Elstner
Mechanism by which untwisting of retinal leads to productive bacteriorhodopsin photocycle states.
视网膜解旋导致产生高效细菌视紫红质光循环状态的机制
DOI: 10.1021/jp505818r
发表时间: 2015
期刊: The journal of physical chemistry. B
影响因子: --
作者: [T. Wolter, M. Elstner, S. Fischer, J. C. Smith, N. Bondar]
通讯作者: N. Bondar
Engineering of Chrimson for Subcellular Optogenetic application
Efficient algorithms for the simulation of the non-adiabatic exciton transfer dynamics in light-harvesting systems
Time-dependent description of charge transport in molecular wires: bottom-up-approach
Transport across membranes via electrostatic 'charge zippers'
  • 批准号:
    246585620
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2013
  • 负责人:
    Professor Dr. Marcus Elstner
  • 依托单位:
海外基金