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Entwicklung und Evaluation von effizienten und genauen theoretischen Methoden zur Berechnung Raman Spektren von Kofaktoren in Proteinen

Entwicklung und Evaluation von effizienten und genauen theoretischen Methoden zur Berechnung Raman Spektren von Kofaktoren in Proteinen
开发和评估计算蛋白质中辅因子拉曼光谱的高效准确的理论方法
批准号:
197254636
负责人:
Professor Dr. Marcus Elstner
金额:
$0.0万
依托单位国家:
德国
项目类别:
Research Grants
财政年份:
2011
资助国家:
德国
项目状态:
已结题
起止时间:
2010-12-31 至 2015-12-31

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
在结构、动力和功能上的实验结果表明,所有的动物都死于食物中,而不是食物中的蛋白质。这是一种新的分析和解释,这种分析和解释并不依赖于理论方法。这是一项重要的工作,也是最重要的工作。从根本上说,这是一种新的理论和方法,它是一种动态的、有效的方法和方法。为蛋白质镀金,为柔性光敏色素增光。这是一种非常有效的方法和方法,有效的方法是从根本上解决问题,并在此基础上解决问题。Dazu soll ein ZeitkorRelationsFunktionsansatz(FTTCF)MIT DichteFunktionalTheorie(DFT)和GenäHerten DFT(Seif Consistent Charge-Density Functional Contound:SCC-DFTB)Rechnungen kombiniert是。这是一种新的机械/机械结构(QM/MM)。此外,我们还在为自己的工作和工作做准备,这是一种常规的管理方式,也是一种新的方法。大足是以FTTCF为基础的MIT和卫理公会以及Verfügbaren的实验,在Einbeziehong einer Reihe Weiterer Korfaktor-Proteine augieBig Gett.
英文摘要
Experimentelle Resonanz-Ramanspektren gewähren Einsichten in die Struktur, Dynamik und Funktion von Protein-Kofaktoren, die in dieser Weise nicht durch andere spektroskopische Methoden zugänglich sind, da sie eine selektive Anregung von Schwingungsmoden des Kofaktors erlauben. Dennoch ist die Analyse und Interpretation der oft komplexen Daten sehr schwierig, hier hat sich die Unterstützung durch theoretische Methoden als überaus fruchtbar erwiesen. Sie erlauben im Prinzip die Zuordnung einzelner Banden des Spektrums zu Schwingungsmoden des Kofaktormoleküls. Dennoch sind viele der z. Z. angewendeten theoretischen Methoden unzureichend, da sie die Umgebungseinflüsse und dynamischen Effekte nicht hinreichend berücksichtigen. Dies gilt insbesondere für Proteine, die große und sehr flexible Kofaktoren enthalten, wie etwa die Phytochrome. Daher liegt das Ziel dieses Antrags in der Entwicklung und Anwendung von theoretischen Methoden, die effizient genug sind dynamische- und Umgebungseffekte In die Berechnung von Ramanspektren mit hinreichender Genauigkeit einzubeziehen. Dazu soll ein Zeitkorrelationsfunktionsansatz (FTTCF) mit Dichtefunktionaltheorie (DFT) und genäherten DFT (Seif Consistent Charge-Density Functional Tight Binding: SCC-DFTB) Rechnungen kombiniert werden. Die Umgebungseinflüsse werden dabei durch Verwendung eines sogenannten quantenmechanisch/ molekülmechanischen (QM/MM) Hybridansatzes berücksichtigt. Als ein weiteres Ziel soll damit eine gut dokumentierte und umfangreich getestete Methodik etabliert werden, die für routinemäßige Berechnungen von Ramanspektren solch komplexer Systeme verwendet werden kann. Dazu werden diese FTTCF-basierten Verfahren mit anderen Methoden und verfügbaren experimentellen Daten unter Einbeziehung einer Reihe weiterer Korfaktor-Proteine ausgiebig getestet.
期刊论文(6)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Improved electronic properties from third-order SCC-DFTB with cost efficient post-SCF extensions.
通过具有成本效益的后 SCF 扩展,改善了三阶 SCC-DFTB 的电子特性
DOI: 10.1021/jp307264f
发表时间: 2012
期刊: The journal of physical chemistry. A
影响因子: --
作者: [Kaminski S.M. Gaus, Elstner]
通讯作者: Elstner
QM/MM simulations of vibrational spectra of bacteriorhodopsin and channelrhodopsin-2.
细菌视紫红质和通道视紫红质-2 振动光谱的 QM/MM 模拟
DOI: 10.1039/c3cp44181d
发表时间: 2013
期刊: Physical chemistry chemical physics : PCCP
影响因子: --
作者: [K. Welke, H. C. Watanabe, T. Wolter, M. Gaus, M. Elstner]
通讯作者: M. Elstner
Mechanism by which untwisting of retinal leads to productive bacteriorhodopsin photocycle states.
视网膜解旋导致产生高效细菌视紫红质光循环状态的机制
DOI: 10.1021/jp505818r
发表时间: 2015
期刊: The journal of physical chemistry. B
影响因子: --
作者: [T. Wolter, M. Elstner, S. Fischer, J. C. Smith, N. Bondar]
通讯作者: N. Bondar
Engineering of Chrimson for Subcellular Optogenetic application
Efficient algorithms for the simulation of the non-adiabatic exciton transfer dynamics in light-harvesting systems
Time-dependent description of charge transport in molecular wires: bottom-up-approach
Transport across membranes via electrostatic 'charge zippers'
  • 批准号:
    246585620
  • 项目类别:
    Research Grants
  • 资助金额:
    $0.0万
  • 财政年份:
    2013
  • 负责人:
    Professor Dr. Marcus Elstner
  • 依托单位:
海外基金