巨大ウイルスを巨大たらしめる遺伝子の機能解析

使巨型病毒变得巨大的基因的功能分析

• 批准号: 21J00174
• 负责人: 疋田 弘之
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-28 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21J00174/
• 关键词: 巨大ウイルス; ロングリードシークエンス

本研究はウイルスとして規格外の大きさを持つ巨大ウイルスについて、それらがコードする数百の遺伝子の多くが機能未知であることに着目し、その機能の解明を目指した。特に、巨大ウイルスはゲノム修復に関わる遺伝子を複数コードすることで有害な変異を抑制し、巨大なゲノムを維持していると考えられている(Blanc-Mathieu & Ogata, Curr. Opin. Microbiol., 2016)。本研究はこの仮説を実験的に検証するとともに、宿主に依存することでゲノムが小型化すると考えられているウイルスが、なぜ巨大なゲノムを保持することができるのかという問いに答えることを目指した。本年度は研究の土台となる遺伝子欠損ウイルス作成の土台となるマーカー遺伝子発現プロモーターの選定に取り組んだ。まず、先行研究において実績のあるプロモータ配列を用いてマーカー遺伝子の発現解析を行ったが、期待通りのマーカー遺伝子の発現がみられなかった。この点について、ウイルスの宿主として用いたアメーバ（Acanthamoeba castellanii）は、継代を繰り返したことにより集団が不均一になっており、先行研究のプロモーターが機能しない可能性が考えられた。また、上の研究と同時に、遺伝子欠損株が得られた際の表現型解析手法として、ゲノム内の変異を効率的に検出する手法の開発に取り組んだ。具体的には、安価、かつ簡便にゲノムシークエンスができるナノポアシークエンスを用いて、巨大ウイルスゲノムのアッセンブリ精度を検証した。ナノポアシークエンスは手法の特性上、シークエンスエラーが多いと言われているが、本研究の結果、高い精度でゲノムがアッセンブルできることが示されたほか、新規巨大ウイルスのゲノムワイドな解析が容易に行えることを示した。

This study is aimed at clarifying the functions of hundreds of unknowns in the field of computer science. Special, large, and complex damage control systems must be maintained in order to repair the damage (Blanc-Mathieu & Ogata, Curr. Opin. Microbiol., 2016)。This study is aimed at reducing the size of the host. This year, we will study the selection of groups for the development of genetic defects. The analysis of the occurrence of the gene in the early stage of research and the analysis of the occurrence of the gene in the early stage of research are expected. This is the first time that a person has ever been involved in an investigation into the possibility that a person might be involved in a case where the information is not uniform. The phenotypic analysis methods for the identification of genetic diversity in plants with high genetic diversity and high genetic diversity were developed. Specific, safe, simple, and easy to use, large, and easy to use. The results of this study show that the accuracy of the method is high, and the analysis of the method is easy.

项目成果

ナノポアシークエンスによる巨大ウイルスゲノムの解析手法評価

使用纳米孔测序的巨型病毒基因组分析方法的评估

• 发表时间: 2021
• 作者: Hatano Jiro;Kusama Shoko;Tanaka Kenya;Kohara Ayaka;Miyake Chikahiro;Nakanishi Shuji;Shimakawa Ginga;長井 志江;小松紀子;Takashi Furuya;疋田 弘之・岡﨑 友輔・緒方 博之
• 通讯作者: 疋田 弘之・岡﨑 友輔・緒方 博之

ナノポアシークエンスを用いた新規巨大ウイルスの迅速同定法

利用纳米孔测序快速鉴定新型巨型病毒的方法

• 发表时间: 2021
• 作者: Tanaka Kenya;Shirai Tomokazu;Matsuda Mami;Kondo Akihiko;Hasunuma Tomohisa;Takashi Furuya;小松紀子;長井 志江;疋田 弘之・岡﨑 友輔・緒方 博之
• 通讯作者: 疋田 弘之・岡﨑 友輔・緒方 博之