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日本産地衣類の総合的なデータベースの整備とウェブ公開

准备日本地衣综合数据库并在网站上发布

基本信息

批准号：
21K01006
负责人：
原田浩
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Natural History Museum and Institute, Chiba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K01006/
关键词：
地衣類図鑑博物館標本 DNAバーコーディング LC/MS 地衣成分データベース

项目摘要

日本産地衣類に関して，証拠標本を千葉県立中央博物館で保管しつつ，（１）ウェブ図鑑，（２）地衣成分（化学成分），（３）DNAの３つからなる総合的なデータベースを整備することを目的として本研究を実施している．4年度は徳島県剣山で野外調査を実施し新規に収集した地衣類標本約200点について画像を取得し，化学成分分析（TLC，LC/MS）を進めデータの解析を進めているところである．更に成分分析のためにアセトン及びメタノール抽出後の残渣（地衣類断片）からDNAの抽出を進め，次世代シーケンサーでの解析の準備を進めた．（１）ウェブ図鑑．徳島県剣山で地衣類標本を採集し，生態写真，撮影装置下および実体顕微鏡下での拡大写真を合わせて，ウェブ図鑑コンテンツ「日本の地衣類（ウェブ図鑑）」を制作し，公開した（で500種以上を掲載）．サブコンテンツとして，「剣山の地衣類」を公開，また市民研究員の協力を得て「上田市（長野県）の地衣類」，「長崎県の地衣類」，「屋久島の地衣類」を整備した．この図鑑を補足する分類等の論文として，９報が公表，５報は投稿中（あるいは受理）である．（２）地衣成分（化学成分）のデータベース．ウェブコンテンツ「地衣成分」を公開し，地衣成分を紹介する様々な情報に加え，地衣成分データベースを掲載した（R4年度末には文献情報のみを掲載）．（３）DNAデータベース．標本から試料をとりわけ，LC/MS用に地衣成分を抽出後に，DNAを抽出する作業は，約400点実施した．このうち196試料について，リボソームDNA遺伝子のITS領域（ITS1とITS2）を次世代シーケンサーで解析した。各試料を識別したインデックスを付与してITS領域を増幅したのち、配列決定を試みたが、インデックス周辺の配列の品質が悪く、今後、再解析および追加の解析を行う予定である。

The lichen species grown in Japan were collected and preserved in the Chiba Prefectural Central Museum.(1) Identification of lichen species,(2) Composition of lichen species (chemical composition), and (3) DNA analysis. Chemical composition analysis (TLC, LC/MS) Further, the residue after extraction (lichen fragment) from DNA extraction and preparation for analysis of the next generation of DNA extraction and analysis were carried out. (1). Tokushima Prefecture lichen species collection, ecological photo, photo device under the camera and real body micro-mirror under the big photo, it is the first time to produce, open to the public (more than 500 species). "Lichens of Mt." was published, and the cooperation of citizen researchers was developed into "Lichens of Ueda City (Nagano Prefecture),""Lichens of Nagasaki Prefecture," and "Lichens of Yakushima Island." 9 papers, 5 papers, etc. (2) lichen composition (chemical composition) The information on lichen composition was disclosed at the end of R4, and the information on lichen composition was disclosed at the end of R4.（3）DNAデータベース. After the extraction of lichen components by LC/MS, DNA extraction was carried out at about 400 points. This sample contains 196 DNA fragments and their ITS domains (ITS1 and ITS2). Each sample identification is assigned to ITS field, the range is increased, the arrangement is determined, the quality of the arrangement is determined, the future analysis is determined, and the additional analysis is determined.