T型／H型ペプチド構造を持つコバレントバインダーによる標的蛋白質の不可逆的阻害

T 型/H 型肽结构的共价结合剂对靶蛋白的不可逆抑制

• 批准号: 21K05287
• 负责人: 瀧 真清
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: The University of Electro-Communications
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05287/
• 关键词: コバレントドラッグ; ファージディスプレイ; 中分子型TCI; warhead; コンビナトリアルスクリーニング; SuFEx反応; ペプチド型TCI; 中分子バイオロジクス; 中分子コバレントバイン ダー; 拡張ファージディスプレイ

前年度に確立したペプチド型コバレントバインダーの直接的な取得法を、本研究課題にて提案したTペプチド型コバレントバインダーの取得へと適用することを試みた。具体的には、標的蛋白質に結合するペプチド型コバレントバインダーを一次fragmentとみなし、fragment伸長法の概念で更に性能のよい結合体を取得すべく、T7ファージ上に提示されているランダムペプチドライブラリーに共有結合させることでT型構造を持つ二次ライブラリーを作製することを試みた。しかしながら、fragmentとランダムペプチドライブラリーを提示しているファージとの分離精製を行う際などに、幾つかの予期しない困難が生じ、改善が見られなかったため、中分子コバレントバインダーの更なるモダリティー拡張として、T型ペプチド構造ではなくDNAアプタマー構造を使用することを優先して研究を進めることとした。具体的には、前年度に基礎検討を行ったSuFEx反応型warheadをDNAアプタマーに導入したのち、前年度にペプチド構造で行った際と同様の手法で、標的結合に伴う加水分解耐性が向上していることを確認し、結果を原著論文として発表した。現在はこの結果をもとに、進化分子工学的手法にて、DNAアプタマー型コバレントバインダーの直接的な取得を試みている。なお、fragment伸長法を用いて、性能のよい非共有結合型のバインダーを簡易/迅速取得するための蛍光追跡技術を新たに開発し、本研究の派生研究としてまとめあげ、原著論文として発表した。

Before the annual に establish し た ペ プ チ ド type コ バ レ ン ト バ イ ン ダ ー の directly を な obtained method, this research topic に て proposal し た T ペ プ チ ド type コ バ レ ン ト バ イ ン ダ ー の obtain へ と applicable す る こ と を try み た. Specific に は, target protein に combining す る ペ プ チ ド type コ バ レ ン ト バ イ ン ダ ー を a fragment と み な し concept, fragments elongation の で more に performance の よ い combination を obtain す べ く, T7 has フ ァ ー ジ に tips on さ れ て い る ラ ン ダ ム ペ プ チ ド ラ イ ブ ラ リ ー に mutual combination さ せ る こ と で T The type of construction を holds を twice ラ ブラリ ブラリ を を to make する とを とを とを test みた. し か し な が ら, fragments と ラ ン ダ ム ペ プ チ ド ラ イ ブ ラ リ ー を prompt し て い る フ ァ ー ジ と の line separating refined を う interstate な ど に, several つ か の to period し な い difficult が じ, improve が see ら れ な か っ た た め, in molecular コ バ レ ン ト バ イ ン ダ ー の more な る モ ダ リ テ ィ ー company, zhang と し て, T ペ プ チ ド structure で は な く DNA ア プ タ マ を ー structure using す る こ と を priority し を て research into め る こ と と し た. Specific に は beg を line, before the annual に 検 っ た SuFEx type anti 応 warhead を DNA ア プ タ マ ー に import し た の ち, former annual に ペ プ チ ド tectonic line で っ た interstate と with others の technique combining に で, mark with う hydrolytic decomposition patience が upward し て い る こ と を confirm し, results を original thesis と し て 発 table し た. Now は こ の results を も と に, evolutionary molecular engineering of に て, DNA ア プ タ マ ー type コ バ レ ン ト バ イ ン ダ ー の directly な gain を try み て い る. な お, fragments elongation method を い て, performance の よ い non mutual combination の バ イ ン ダ ー を easy/fast す る た め の 蛍 light tracing technology を た に open 発 し, this study の derived と し て ま と め あ げ, original thesis と し て 発 table し た.

项目成果

中和可能コバレントドラッグ

可中和共价药物

• 发表时间: 2021

Design, Selection, and Engineering of Targeted Hybrid-Middle Molecules via 10BASEd-T / NEXT-A Reactions

通过 10BASEd-T / NEXT-A 反应设计、选择和工程靶向杂化中间分子

• 发表时间: 2021
• 作者: 青木 涼馬;菊間 隆志;伊藤 幸成;武田 陽一;Pradipta Ambara R.;M. Taki
• 通讯作者: M. Taki

Inhibition of thrombin activity by a covalent-binding aptamer and reversal by the complementary strand antidote

• DOI: 10.1039/d0cc08109d
• 发表时间: 2021-03-11
• 期刊: CHEMICAL COMMUNICATIONS
• 影响因子: 4.9
• 作者: Tabuchi, Yudai;Yang, Jay;Taki, Masumi
• 通讯作者: Taki, Masumi

Solvatochromic peptidic binder obtained via extended phage display acts as a fluororeporter for fragment-based drug discovery (FBDD)

• DOI: 10.1007/s00216-022-04128-x
• 发表时间: 2022-06-04
• 期刊: ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY
• 影响因子: 4.3
• 作者: Katsuki，Riku;Numayama，Tsubasa;Taki，Masumi
• 通讯作者: Taki，Masumi