プロテオーム研究を新たな次元に導く革新的なMSサンプル調製方法の確立

建立创新的 MS 样品制备方法，将蛋白质组研究推向新的维度

• 批准号: 21K05322
• 负责人: 市村 徹
• 金额: $ 2.75万
• 依托单位: 防衛大学校(総合教育学群、人文社会科学群、応用科学群、電気情報学群及びシステム工学群)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K05322/
• 关键词: プロテオミクス; LC-MS/MS; イオン液体; pTRUST; iBOPs; 膜タンパク質; iBOPs法; StageTip法; プロテオーム; MS分析; BOPs法

プロテオーム研究を新たな次元に導くには、あらゆる試料の分析に共通に適用できる標準的なMSサンプル調製方法の確立が重要である。これまでの研究で我々はイオン液体‐アルカリ水溶液の混合溶媒（i-soln)と疎水性マイクロビーズ吸着体を利用する新しいMSサンプル調製法（iBOPs法）を開発した。また、iBOPs法をStageTip法と組み合わせたディスポーザブルな試料前処理方法（pTRUST法）を考案し、ヒト赤血球から調製した不溶性膜タンパク質画分を対象にその分析性能を評価した。本研究では、pTRUST法の各手順を評価・至適化するとともに、本法をヒト赤血球と3種類のヒト培養細胞に由来する膜サンプルの分析に実際に適用し、その有効性の確認を試みた。モデルタンパク質を用いた検討によって、pTRUST法はプロテオミクスの未経験者でも容易にプロテオーム解析を実施できることを確認した。またpTRUST法の操作プロトコルを創出した。次にヒト試料から調製した微少量の膜タンパク質をpTRUST法を用いて消化しLC-MS/MS分析したところ、多くの膜内在性タンパク質を含む膜タンパク質が再現的かつ定量的に同定できることが明らかとなった。またこの性能は、SDSを用いるFASP法やC12-Clを用いるi-FASP法をはるかに上回ることを確認した。以上の結果から、pTRUST法は、微量な膜タンパク質を含むヒト細胞タンパク質を簡便、かつ感度よく処理できる新しいプロテオミクスプラットフォームになると結論した。

It is important to establish a standard MS modulation method for the analysis of common samples. In this study, we developed a new method for the preparation of aqueous solutions (iBOPs method) using mixed solvents (i-soln) and aqueous sorbents. The StageTip method is used to evaluate the analytical performance of the insoluble membrane for the preparation of samples (pTRUST method). In this study, we evaluated the sequence of the pTRUST method and confirmed its applicability to the analysis of the membrane of three kinds of cultured cells. The pTRUST method is used to determine whether the user can easily access the database. PTRUST is a method of operation. The sample was prepared by LC-MS/MS analysis, and the intrinsic quality of the film was determined by quantitative analysis. The FASP method and the C12-Cl method are used to confirm the performance of SDS. The above results show that the pTRUST method is simple, sensitive and novel.

项目成果

Dissolution of amyloid aggregates by direct addition of alkali halides

通过直接添加碱金属卤化物溶解淀粉样蛋白聚集体

• DOI: 10.1016/j.molliq.2022.120849
• 发表时间: 2023
• 期刊: Journal of Molecular Liquids
• 影响因子: 6
• 作者: Takekiyo Takahiro;Yamada Natsuki;Amo Taku;Nakazawa Chikako T.;Asano Atushi;Ichimura Tohru;Kato Minoru;Yoshimura Yukihiro
• 通讯作者: Yoshimura Yukihiro

ゆで卵を溶かせる可溶化剤とそれを用いた細胞膜蛋白質の高感度プロテオミクス分析

溶解煮鸡蛋的增溶剂以及使用它对细胞膜蛋白进行高灵敏度蛋白质组分析

• 发表时间: 2021
• 作者: 市村 徹;竹清貴浩;田岡万悟
• 通讯作者: 田岡万悟