プロテオーム研究を新たな次元に導く革新的なMSサンプル調製方法の確立

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プロテオーム研究を新たな次元に導くには、あらゆる試料の分析に共通に適用できる標準的なMSサンプル調製方法の確立が重要である。これまでの研究で我々はイオン液体‐アルカリ水溶液の混合溶媒（i-soln)と疎水性マイクロビーズ吸着体を利用する新しいMSサンプル調製法（iBOPs法）を開発した。また、iBOPs法をStageTip法と組み合わせたディスポーザブルな試料前処理方法（pTRUST法）を考案し、ヒト赤血球から調製した不溶性膜タンパク質画分を対象にその分析性能を評価した。本研究では、pTRUST法の各手順を評価・至適化するとともに、本法をヒト赤血球と3種類のヒト培養細胞に由来する膜サンプルの分析に実際に適用し、その有効性の確認を試みた。モデルタンパク質を用いた検討によって、pTRUST法はプロテオミクスの未経験者でも容易にプロテオーム解析を実施できることを確認した。またpTRUST法の操作プロトコルを創出した。次にヒト試料から調製した微少量の膜タンパク質をpTRUST法を用いて消化しLC-MS/MS分析したところ、多くの膜内在性タンパク質を含む膜タンパク質が再現的かつ定量的に同定できることが明らかとなった。またこの性能は、SDSを用いるFASP法やC12-Clを用いるi-FASP法をはるかに上回ることを確認した。以上の結果から、pTRUST法は、微量な膜タンパク質を含むヒト細胞タンパク質を簡便、かつ感度よく処理できる新しいプロテオミクスプラットフォームになると結論した。