Functional analysis of the Trap Clone Accumulated Area (TCAA).

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我々は、遺伝子トラップクローン（TC）の解析を行う際に、遺伝子は無いのにTCが集積している領域を発見した。この様な領域をTCAA (Trap Clone Accumulated Area)と呼ぶことにする。2021年度までに、情報量の少ないY染色体を除いた残りのすべての染色体についてTCAAの探索を行い、1104個のTCAAを同定した。平均すると、1 Mbpあたり0.41個のTCAAが存在することになる。TCAAが一番多かったのは11番染色体（102個）で、その頻度は1 Mbpあたり0.84個であった。次にTCAAの機能を推定するために、マウスES細胞で得られたRNA-Seq, ATAC-Seq, Oct4-ChIP-SeqのデータをUCSC Genome Browser (mm9)に登録し、領域内のシグナルの最大値を記録した。その際対照群として、遺伝子もTCも無い領域（C1&11）、既知遺伝子を含む領域（G1&11）、ES細胞の多能性維持に関与していると考えられている遺伝子を含む領域（GP）についても併せて解析した。その結果、TCAAは、染色体全体において、有意に発現していること、クロマチンがオープンになっていること、及びES細胞の多能性維持に重要な転写因子であるOct4が、G1&11よりも有意に多く、GPと同程度に結合していることが分かった。さらにゲノムブラウザで公開されているエピゲノム情報（H3K4me1, H3K4me3, H3K9me3, H3K36me3, H3K27ac）を解析し、エンハンサー活性とリンクしているH3K4me1及びH3K27acについて、TCAAはC1&11だけでなくG1&11よりも有意に高く、GPと同程度のシグナルを示していることが分かった。これらの事実から、TCAAはES細胞の多能性維持に関与していることが示唆された。