種内ナチュラルバリエーションを用いた植物プロモーターの進化的側面の解明

利用种内自然变异阐明植物启动子的进化方面

• 批准号: 21K06212
• 负责人: 山本 義治
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Gifu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21K06212/
• 关键词: シロイヌナズナ; ゲノム多型; TSS-seq; プロモーター比較; 部分転写ネットワーク; プロモーター進化; 環境適応; プロモーター; 比較ゲノム; 植物

申請時に終了していたはずのシロイヌナズナ４アクセションのTSS-seqデータのクオリティに不具合が見つかったのが昨年度である。そのため、材料としているシロイヌナズナ系統について新たに種子調製をし、４系統24サンプルすべて（４系統xストレス有り無しの２条件x３反復）について再度TSS-seq解析を行うことになった。今年度は前年度栽培開始していた植物個体からの種子調製が完了し、サンプル組織の収穫、RNA抽出、TSSタグライブラリの作成、そしてTSS-seqまでを実施した。TSS-seqにより得られた生シークエンスデータ（FASTQ）は、我々がCap Signatureと呼んでいるCap-Trapper法固有の特徴によりタグ配列をin silico精製したのち、リファレンスゲノム（Col-0）へマッピングし、遺伝子モデルとの対応付けを行った。念のためTSSの-1と-2のゲノム配列がGの場合とそうでない場合の２通りについてのマッピング結果をまとめた。これは発現量が微弱なTSSクラスター（＝プロモーター）がアーティファクトである可能性を吟味する際に用いる予定である。そして、まずはGenic Topプロモーターに含まれるタグを遺伝子モデルへ紐付けして遺伝子ごとの発現量を算出するところまでを行った。その後の解析はまだ途中であるが、いずれかの系統においてストレス応答性遺伝子のうち系統間に発現多型があるものに注目していく。系統間比較はストレス耐性２系統と感受性２系統の間の４通りで行い、４系統の一括解析はとりあえずは行わない。転写因子とその被制御遺伝子に注目した解析を行う予定である。CBFとZAT遺伝子に系統間の発現多型が生じており、発現多型を利用した部分転写ネットワーク同定はこのあたりから進めようかと考えている。

Application に end し て い た は ず の シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ 4 ア ク セ シ ョ ン の TSS - seq デ ー タ の ク オ リ テ ィ に not が see つ か っ た の が yesterday annual で あ る. そ の た め, material と し て い る シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ system に つ い て new た に seed modulation を し, 4 system 24 サ ン プ ル す べ て (4 x ス ト レ ス り no し の condition 2 x3) repeatedly に つ い て TSS again - seq parsing line を う こ と に な っ た. Annual cultivation began before our は し て い た plant individual か ら の seed modulation finished が し, サ ン プ ル organization の 収, RNA extraction and TSS タ グ ラ イ ブ ラ リ, そ の し て TSS - seq ま で を be applied し た. TSS - seq に よ り have ら れ た raw シ ー ク エ ン ス デ ー タ FASTQ は, I 々 が Cap Signature と shout ん で い る Cap and inherent の Trapper method 徴 に よ り タ グ column を in Silico refined し た の ち, リ フ ァ レ ン ス ゲ ノ ム (Col - 0) へ マ ッ ピ ン グ し, but 伝 モ デ ル と の 応 seaborne pay け を line っ た. Read の た め TSS と の - 1-2 の ゲ ノ ム match column が G の occasions と そ う で な い occasions の 2 tong り に つ い て の マ ッ ピ ン グ results を ま と め た. Faint な こ れ は 発 now quantity が TSS ク ラ ス タ ー (= プ ロ モ ー タ ー) が ア ー テ ィ フ ァ ク ト で あ る possibility を recite with relish す る interstate に with い る designated で あ る. そ し て, ま ず は Genic Top プ ロ モ ー タ ー に containing ま れ る タ グ を posthumous son 伝 モ デ ル へ new pay け し て posthumous son 伝 ご と の 発 quantity を now calculate す る と こ ろ ま で を line っ た. そ の の after parsing は ま だ way で あ る が, い ず れ か の system に お い て ス ト レ ス 応 traces of a sexual 伝 son の う ち system between に 発 now polymorphism が あ る も の に attention し て い く. System comparison between は ス ト レ ス tolerance between the 2 systems と susceptibility 2 の の 4 tong り で い, 4 system の enclosed analytical は と り あ え ず は line わ な い. Youdaoplaceholder0 write the factor とそ 転 is controlled by the imperial legacy 伝 child に attention た analysis を line う is determined である. Traces of CBF と ZAT 伝 に system between の 発 now polymorphism が raw じ て お り, 発 now more を using し た part planning write ネ ッ ト ワ ー ク with fixed は こ の あ た り か ら into め よ う か と exam え て い る.

项目成果

Primary Metabolism and Transcriptional Regulation in Higher Plants

高等植物的初级代谢和转录调控

• DOI: 10.7831/ras.9.0_117
• 发表时间: 2021
• 期刊: Reviews in Agricultural Science
• 作者: Hayami Natsuki;Y. Yamamoto Yoshiharu
• 通讯作者: Y. Yamamoto Yoshiharu

Suppression of MYC transcription activators by the immune cofactor NPR1 fine-tunes plant immune responses

• DOI: 10.1016/j.celrep.2021.110125
• 发表时间: 2021-12-14
• 期刊: CELL REPORTS
• 影响因子: 8.8
• 作者: Nomoto, Mika;Skelly, Michael J.;Tada, Yasuomi
• 通讯作者: Tada, Yasuomi

Efficient Agrobacterium tumefaciens-mediated stable genetic transformation of green microalgae, Chlorella sorokiniana

• DOI: 10.1007/s13205-021-02750-7
• 发表时间: 2021-03-26
• 期刊: 3 BIOTECH
• 影响因子: 2.8
• 作者: Sharma, Prabin Kumar;Goud, Vaibhab V.;Sahoo, Lingaraj
• 通讯作者: Sahoo, Lingaraj

Cryptic promoter activation occurs by at least two different mechanisms in the Arabidopsis genome

• DOI: 10.1111/tpj.15420
• 发表时间: 2021-08-02
• 期刊: PLANT JOURNAL
• 影响因子: 7.2
• 作者: Kudo, Hisayuki;Matsuo, Mitsuhiro;Obokata, Junichi
• 通讯作者: Obokata, Junichi

山本研HP

山本实验室HP