若年性骨髄単球性白血病におけるPTPN11遺伝子変異によるメチル化調節機構の解明

本研究の目的は、PTPN11変異によるメチル化調節機構の解明することである。これまでにPTPN11変異の有無のみ異なるJMML由来iPS細胞を樹立し、各iPS細胞について変異を修復したiPS細胞および変異を修復したiPS細胞も作製している。直接的にPTPN11変異によるメチル化への影響・機構を解析できる最適な研究試料を使用して研究が遂行できる。網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）の委託解析を計画していたため、高濃度のゲノムDNAが必要であるため各iPS細胞からのCD34陽性細胞の分化誘導について培養条件やサイトカイン添加条件を検討してきた。2022年度末に網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）の委託が可能となった。2022年度の研究成果は、iPS細胞からCD34陽性細胞を分化する際の4種類のサイトカイン濃度を各2倍量に増加し、さらに、回収時のピペットでの剥離と分散操作を繰り返すなどの操作上の細かい点まで調整することにより回収細胞数を増加させることができ、高濃度のゲノムDNAを回収できるようになった。本疾患関連の遺伝子について、Bisulfite処理・シークエンス解析による予備的なメチル化解析を行い、学会発表を行った（第69回日本臨床検査医学会学術集会、栃木県）。そして、2022年度末に網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）をタカラバイオ株式会社への委託することができた。2023年度早期に解析が終了し、データ納品される（2022年度の残助成金と2023年度の助成金を合わせて支払いを行う予定である）。2023年度には、CpGアイランド、遺伝子、およびプローブ別のメチル化率の違いについて比較解析を行う予定である。

本研究の目的は、PTPN11変異によるメチル化調節機構の解明することである。これまでにPTPN11変異の有無のみ異なるJMML由来iPS細胞を樹立し、各iPS細胞について変異を修復したiPS細胞および変異を修復したiPS細胞も作製している。直接的にPTPN11変異によるメチル化への影響・機構を解析できる最適な研究試料を使用して研究が遂行できる。網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）の委託解析を計画していたため、高濃度のゲノムDNAが必要であるため各iPS細胞からのCD34陽性細胞の分化誘導について培養条件やサイトカイン添加条件を検討してきた。2022年度末に網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）の委託が可能となった。2022年度の研究成果は、iPS細胞からCD34陽性細胞を分化する際の4種類のサイトカイン濃度を各2倍量に増加し、さらに、回収時のピペットでの剥離と分散操作を繰り返すなどの操作上の細かい点まで調整することにより回収細胞数を増加させることができ、高濃度のゲノムDNAを回収できるようになった。本疾患関連の遺伝子について、Bisulfite処理・シークエンス解析による予備的なメチル化解析を行い、学会発表を行った（第69回日本臨床検査医学会学術集会、栃木県）。そして、2022年度末に網羅的メチル化解析（ビーズアレイ）をタカラバイオ株式会社への委託することができた。2023年度早期に解析が終了し、データ納品される（2022年度の残助成金と2023年度の助成金を合わせて支払いを行う予定である）。2023年度には、CpGアイランド、遺伝子、およびプローブ別のメチル化率の違いについて比較解析を行う予定である。