口腔レンサ球菌のペプチドグリカン-アセチル化酵素の機能解析とビルレンス制御機構

口腔レンサ球菌の細胞壁構造の修飾割合を調べた。インフォマティクス解析で、いずれの細菌においてもアセチル化修飾酵素が確認できたが、そのアセチル化の割合はdissacharideに対してS.sobrinusが21%と最も高く、同じ側鎖アミノ酸組成（Thr-Ala）を有するS.downei, S.cricetusもS.sobrinus同様の高いペプチドグリカンのアセチル修飾率で、約10%がグルカン鎖のMurNAcアセチル修飾、加えて約10％が特異的に存在している側鎖アミノ酸(Thr)のアセチル修飾酵素が寄与したアセチル化率であった。これら菌種の2種類のアセチル化酵素のアルファフォールドによる3次元立体構造解析を行った。S.sobrinusの形質転換が困難であったため代替え菌を使用した形質転換菌の作成に着手した。S.sobrinusとS. downeiの全ゲノム配列取得のため、ゲノムDNAを抽出したが、推奨のプロトコル操作では十分量のDNAが得られず、溶菌が不十分であったと推察されたため、DNA抽出に使用する菌量を増やすとともに溶菌酵素をLysozymeからMetaPolyzymeに変更する抽出法とする改良法を考案した。S. sobrinusが液体培養時に菌体が凝集することによる増殖効率の低下が引き起こされることを抑えるため培地に0.05% Tween80を加え凝集を抑える培養で37℃で48時間（0.5mg/mLのMetaPolyzyme添加）反応させ溶菌した後に、DNAを抽出したところ、十分量のDNAを得ることができた。得られたゲノムDNAはNanoporeシーケンス及びイルミナシーケンスに供試し、ロングリード配列とショートリード配列を取得し、その後、Unicyclerによってショートリード配列とロングリード配列のハイブリッドアセンブリを行い、完全長ゲノムの取得に取り組んでいる。

口腔レンサ球菌の細胞壁構造の修飾割合を調べた。インフォマティクス解析で、いずれの細菌においてもアセチル化修飾酵素が確認できたが、そのアセチル化の割合はdissacharideに対してS.sobrinusが21%と最も高く、同じ側鎖アミノ酸組成（Thr-Ala）を有するS.downei, S.cricetusもS.sobrinus同様の高いペプチドグリカンのアセチル修飾率で、約10%がグルカン鎖のMurNAcアセチル修飾、加えて約10％が特異的に存在している側鎖アミノ酸(Thr)のアセチル修飾酵素が寄与したアセチル化率であった。これら菌種の2種類のアセチル化酵素のアルファフォールドによる3次元立体構造解析を行った。S.sobrinusの形質転換が困難であったため代替え菌を使用した形質転換菌の作成に着手した。S.sobrinusとS. downeiの全ゲノム配列取得のため、ゲノムDNAを抽出したが、推奨のプロトコル操作では十分量のDNAが得られず、溶菌が不十分であったと推察されたため、DNA抽出に使用する菌量を増やすとともに溶菌酵素をLysozymeからMetaPolyzymeに変更する抽出法とする改良法を考案した。S. sobrinusが液体培養時に菌体が凝集することによる増殖効率の低下が引き起こされることを抑えるため培地に0.05% Tween80を加え凝集を抑える培養で37℃で48時間（0.5mg/mLのMetaPolyzyme添加）反応させ溶菌した後に、DNAを抽出したところ、十分量のDNAを得ることができた。得られたゲノムDNAはNanoporeシーケンス及びイルミナシーケンスに供試し、ロングリード配列とショートリード配列を取得し、その後、Unicyclerによってショートリード配列とロングリード配列のハイブリッドアセンブリを行い、完全長ゲノムの取得に取り組んでいる。