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Design of beta-barrel type transmembrane protein complex by combination of computational and experimental studies

通过计算和实验研究相结合设计β-桶型跨膜蛋白复合物

基本信息

批准号：
19KK0178
负责人：
田中良和
金额：
$ 11.81万
依托单位：
Tohoku University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-10-07 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

膜孔形成毒素は標的細胞の細胞膜に膜孔を形成する。膜孔は原子レベルで正確なナノメートルオーダーの孔（ナノポア）であり、これを利用した分子センサーが開発されている。更なる分子センサーの開発のために、目的に応じたサイズ・形状のナノポアを自在に作成できる技術が必要となる。本研究では、実験と計算科学を併用して膜孔のデザインを実現し、任意の分子特性のナノポアを作り出すことを目指す。本研究では黄色ブドウ球菌の膜孔形成毒素に着目して分子デザインを実施する。黄色ブドウ球菌の膜孔形成毒素は、2種類に分類される。1つはホモ7量体の膜孔を形成するアルファヘモリジン、もう一方は、2種類の異なるポリペプチド（LukF、Hlg2）が4分子ずつ会合してヘテロ8量体の膜孔を形成するガンマヘモリジンである。前年度までに種々のLukF、Hlg2のキメラタンパク質を作成し、それらの分子特性を生化学実験とネガティブ染色電顕により解析してきた。当該年度は、さらに多様なキメラタンパク質を作出し、その立体構造をクライオ電子顕微鏡単粒子解析により決定した。複数の変異体について高分解能の立体構造を決定することができ、意図した構造の会合体を形成していることがわかった。構造解析に際し、非常に強いプリファードオリエンテーションの問題があったが、グリッド作成の際の条件検討により、これを回避することができた。ポアの構造解析に適したグリッド作成及びデータ収集、構造解析の条件を決定することができた。

The pore of the membrane forms the cell of the toxin and forms the pore of the membrane. The membrane hole atom is used to make sure that it is correct to make sure that the membrane hole is closed, and the molecular molecule is used to open the membrane hole. In order to make sure that the necessary information is necessary for the development of the technology, it is necessary to make the necessary information in order to improve the quality of the equipment. In this study, the purpose of this study is to determine the molecular properties of the membrane holes in the computer science of this study. In this study, we studied the formation of toxins in the membrane pores of cocci, the formation of toxins, the formation of toxins, the formation of toxins and the formation of toxins. The membrane pores of Streptococcus flavus form toxins and 2 types of toxins. 1. The size of the membrane hole is measured to form the membrane hole. The four molecules (LukF, Hlg2) are rendezvous. The membrane hole is formed. In the previous year, various kinds of LukF and Hlg2 were used to analyze the molecular properties and molecular properties of biochemistry, biochemistry, dyeing and dyeing. During the year, we will make a decision on the analysis of microparticles in a stereoscopic system. In the complex system, the high decomposition can determine the composition of the complex, which is intended to form a complex. In order to solve the problem, we need to analyze the situation, make sure that we do not know how to solve the problem, and that we can avoid the problem. In order to determine the composition of the data, the data set and the conditions of the analysis, the conditions are determined.

项目成果

期刊论文数量（118）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

リヴィウ大学(ウクライナ)

利沃夫大学（乌克兰）

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
通讯作者：

MolluscanHemocyanins in Vertebrate and Invertebrate Respiratory Proteins, Lipoproteins and other Body Fluid Proteins edited by Ulrich Hoeger and J. Robin Harris Chapter 7

脊椎动物和无脊椎动物呼吸蛋白、脂蛋白和其他体液蛋白中的软体动物血蓝蛋白由 Ulrich Hoeger 和 J. Robin Harris 编辑第 7 章

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Sanae Kato;Takashi Matsui and Yoshikazu Tanaka
通讯作者：
Takashi Matsui and Yoshikazu Tanaka

Saframycin A生合成関連蛋白質のクライオ電子顕微鏡単粒子解析

Saframycin A 生物合成相关蛋白的冷冻电镜单颗粒分析

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
本多葵一;松井崇;小松玲子;谷藤涼;大栗博毅;横山武司;田中良和
通讯作者：
田中良和

タンパク質立体構造解析と質量分析の融合研究

蛋白质3D结构分析与质谱融合研究

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Zhan Jingyu;Hossain Md. Alamgir;Sethi Ashish;Ose Toyoyuki;Moseley Gregory W.;Gooley Paul R.;比能洋;西村紳一郎;西村紳一郎;田中良和;田中良和
通讯作者：
田中良和

Protein encapsulation in the hollow space of hemocyanin crystals containing a covalently conjugated ligand