Integrated genome-wide association study in sepsis

败血症的综合全基因组关联研究

• 批准号: 20H03779
• 负责人: 中田 孝明
• 金额: $ 11.23万
• 依托单位: Chiba University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2023-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H03779/
• 关键词: 敗血症; 遺伝子多型; ゲノム; 網羅解析

本研究チームは、千葉大学医学部の生命倫理審査委員会での承認が得られた後から平成31年3月まで、国内の複数施設に協力を得て、大規模な日本人敗血症コホート（約 800症例）を作成し、敗血症GWASを目的とした血液検体・詳細な患者臨床データの収集をおこなってきた。そして令和元年度より、収集した敗血症患者の全血中の白血球よりgenomic DNAを抽出し、そのDNAをSNPアレイ(Illumina Infinium Omni2.5 Exome-8)を用いて250万箇所のゲノムワイドSNPsのgenotypingを行なった。令和2年度、このゲノムワイドSNPs のgenotyping raw dataに関し最終的なGWAS解析の準備の解析を行い、GWAS解析用SNPsデータセットを最終化した。またGWAS解析用の臨床データに関してもmissing dataの再確認などを行い、臨床データセットの最終化し、GWAS解析準備を完了した。令和3年度、これらの網羅的なSNPs genotypingデータを用い、死亡をoutcomeとしたGWAS解析を行った。GWAS解析結果では、マンハッタンプロットで敗血症の死亡転帰に関連する4箇所の遺伝子座にピークを認めた。これまで敗血症に関して本研究と同規模のGWAS報告は数報しかない。令和4年度、敗血症GWASの既報に加え、炎症性疾患や感染疾患に関するGWASの中で、今回検出された遺伝子座に関する既報を調査し、一部オーバラップする部分を同定した。現在、敗血症GWAS研究成果の論文作成中である。

This study チ ー ム は の life ethical review committee, chiba university health science で の recognise が ら れ た after か ら pp.47-53 March 31 ま で plural facilities, domestic の に together を て, large-scale な Japanese sepsis コ ホ ー ト (about 800 cases) を make し, sepsis GWAS を purpose と し た 検 body blood, detailed な patients clinical デ ー タ の 収 set を お こ な っ て き た. そ し て make RMB and annual よ り, 収 し た sepsis patients の の white blood cells in whole blood よ り を genomic DNA extraction し, そ の DNA を SNP ア レ イ (Illumina Infinium Omni2.5 Exome-8)を use を て 2.5 million <s:1> ゲノムワ ド ドSNPs <s:1> genotypingを lines なった. In the second year of Reiwa, the final なGWAS parsing <s:1> preparation <s:1> parsing を lines <e:1>, GWAS parsing using SNPsデ タセットを タセットを タセットを タセットを に genotyping raw dataに, and finalization た using SNPsデ タセットを タセットを. ま た GWAS parsing with clinical デ の ー タ に masato し て も missing data の reconfirm な ど を い, clinical デ ー タ セ ッ ト の eventually し, GWAS parse finished prepare を し た. And 3 year, こ れ ら の snare of な SNPs genotyping デ ー タ を い, death を outcome と し た GWAS parsing line を っ た. Analytical results で GWAS は, マ ン ハ ッ タ ン プ ロ ッ ト で sepsis の death planning 帰 に masato even す る の by four heritage 伝 stroma に ピ ー ク を recognize め た. <s:1> れまで sepsis に related to <s:1> て this study と <s:1> GWAS reports of the same scale data reports な な. And four year, sepsis GWAS の is submitted to the に plus え や infection disease, inflammatory disease に masato す る GWAS の で, today back to 検 out さ れ た heritage 伝 stroma に masato す る し を investigation, both a オ ー バ ラ ッ プ す る part を be し た. Now, the GWAS research results of sepsis are in the process of paper writing である.