ラボオンチップ向けの設計理論の確立と実用的な設計自動化システムの開発

片上实验室设计理论的建立和实用设计自动化系统的开发

• 批准号: 20H04160
• 负责人: 山下 茂
• 金额: $ 10.98万
• 依托单位: Ritsumeikan University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2020
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2020-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-20H04160/
• 关键词: ラボオンチップ; MEDA; 操作エラー; 混合手法; ルーティング; DMFB; PMD; タスクスケジューリング; 関数分解

2021年度に検討を進めていた、DMFB（Digital Microfluidic Biochip）において途中で複数の液滴が使用される場合に混合する液滴の組み合わせ方を工夫するだけで分割エラーの影響を減少できる具体的な手法を実現した。実現した手法を実際に多くの希釈グラフに適用して、1 万回シミュレーションを行った。その結果、目標ノードにおける平均の濃度の誤差を、何も工夫しない場合に比べて、実現した手法は3割ほど減少できることを確認した。MEDA（Micro-Electrode Dot Array）バイオチップ上で液滴を効率的に移動させるルーティング手法に関して以下のような多くの成果を上げた。1つ目の成果は、2021年度に開発した液滴ルーティング手法を、異なる3種類以上の液滴に対応できるように拡張したことである。2つ目の成果は、液滴の移動速度が液滴の形状（アスペクト比）に依存するという性質を利用し、液滴の移動時間を最短化する単一液滴のルーティング手法を開発したことである。開発した手法により、既存手法と比較して、ルーティング時間を約15％短縮した。3つ目の成果として、液滴を途中で分割することを考慮に入れて全体の移動時間が最小となる移動方法を整数計画法により求める手法を考案した。DMFB上で試薬合成を行う手法は多く研究されているが、使用する液滴数が最小になることを保証する手法は全探索ベースの「逆手順探索法」しか知られていない。この手法は全探索を利用しているため、精度の高い濃度の混合手順を求める場合は膨大な時間が必要となる。そこで、精度の低い濃度の混合手順を再帰的に利用する手法と、一度正確に求めた混合手順をデータベースに記録して再利用する方法を提案し、その検証を行った。実験の結果、逆手順全探索に比べて計算時間が最大99%以上短縮できることを確認した。

In 2021, we will discuss how to reduce the impact of DMFB (Digital Microfluidic Biochip) on the use of multiple droplets, how to mix droplets and how to combine them. In order to achieve this goal, we need to make sure that we have a good understanding of each other's needs. Results, objectives, average concentration error, time, accuracy, accuracy MEDA (Micro-Electrode Dot Array) is a micro-electrode array that can be used to measure the movement rate of droplets. 1. The results of the project are as follows: In 2021, the development of liquid droplets will be carried out in different ways, and more than 3 kinds of liquid droplets will be distributed. 2. The results of the droplet movement depend on the droplet shape (ratio), the droplet movement time is minimized, and the droplet movement method is developed. The time taken to open a new method is shortened by about 15% compared with the existing method. 3. The results of the experiment and the division of the droplets on the way are considered. The total moving time is minimized. The moving method is integer planning. The method is examined. DMFB test synthesis method is to study more, use the minimum number of droplets, and ensure that the method of full exploration,"reverse hand sequential exploration method" is to know more. The method is fully explored, the accuracy is high, the concentration is mixed, the time is necessary, and the time is necessary. The method of re-utilization of mixed sequence with low concentration of high precision and high accuracy is proposed and verified. The calculation time of the result and the reverse hand search is shortened by more than 99%.

项目成果

Efficient Sample Preparation for Programmable Microfluidic Devices with Defect Valves

具有缺陷阀的可编程微流控装置的高效样品制备

• 发表时间: 2021
• 期刊: Proceedings of Workshop on Synthesis And System Integration of Mixed Information Technologies
• 作者: Shuaijie Ying;Shigeru Yamashita
• 通讯作者: Shigeru Yamashita

Digital Microfluidic Biochipにおけるエラー同士の相殺を利用したエラー訂正手法

数字微流控生物芯片中使用误差消除的误差校正方法

• 发表时间: 2021
• 作者: 和田有史;山下茂
• 通讯作者: 山下茂

拡張ネットワークフローモデルの最適な階層数を求める手法

确定扩展网络流模型最佳层数的方法

• 发表时间: 2021
• 作者: 石田滉;山下茂
• 通讯作者: 山下茂

Preparing Fluid Samples under Retention Time Constraints using Flow-based Microfluidic Biochips

使用基于流的微流控生物芯片在保留时间限制下制备流体样品

• DOI: 10.1109/tcad.2023.3237980
• 发表时间: 2023
• 期刊: IEEE Transactions on Computer-Aided Design of Integrated Circuits and Systems
• 影响因子: 2.9
• 作者: Kundu;V. L. Sarvasiddi;S. Bhattacharjee;S. Yamashita and S. Roy
• 通讯作者: S. Yamashita and S. Roy

Fair方式に基づくMoldable Gangタスクの動的スケジューリングアルゴリズム

基于Fair方法的Moldable Gang任务动态调度算法

• 发表时间: 2022
• 作者: 清水智貴;西川広記;孔祥博;冨山宏之
• 通讯作者: 冨山宏之