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分岐理論に基づいたErbBシグナル伝達系による細胞周期制御の解明

基于分叉理论阐明ErbB信号系统对细胞周期的控制

基本信息

批准号：
20J20192
负责人：
井元宏明
金额：
$ 1.98万
依托单位：
Osaka University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2020
资助国家：
日本
起止时间：
2020-04-24 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

数理モデリングは，生物における多様な分子間相互作用をネットワークとして解析し，動的データの背後にある分子メカニズムを明らかにする最も有効な手法のひとつである．こうした背景から近年，がんをはじめとする疾病の作用機序をシステムレベルで理解する手法として，数理モデルの重要性が増している．最終年度である令和4年度は，昨年度に引き続き，生化学反応過程を記述した文章を実行可能な数理モデルに変換するText2Modelのさらなるアップデートを行った．まず，Text2Modelがサポートする反応ルールのうち，タンパク質の結合・解離に関しては熱力学的制約を与えることをサポートする機能を加えた．任意の生化学反応経路について，初期状態と最終状態が一意に定まる閉経路では，いわゆる「詳細釣り合い条件」が成立し，このサイクル内では自由エネルギー変化が０（平衡解離定数の積が１）となる制約が課されることになる．しかしながら，モデル化する反応ネットワークの規模が大きくなると，複雑なタンパク質間相互作用の中から閉じたサイクルを発見することは容易ではなくなる．代表者は，Text2Modelの結合・解離のルールにおいてテキスト情報のみから閉経路を発見し，制約が課されるべき反応番号を表示できるようにした．さらに，テキストから構築したモデルについては，ハイデルベルク大学のFabian Ormersbach氏の協力のもと，タンパク質間相互作用をインタラクティブなグラフとして可視化するメソッドも実装した．以上の成果はText2Modelのユーザビリティをさらに向上させるものである．患者固有モデリングのプロトコルに関しては，GDC Data Portalの更新に伴い解析に使用したコードを再度整理した．この更新されたプロトコルを論文にまとめ，STAR Protocols誌から出版された．

In mathematical medicine, in the interaction between molecules of biological agents, in the analysis of molecular interactions, in the back of the drugs, in the molecules, in the background, in the background, in recent years, in the order of action in diseases and diseases, in order to understand the sequence of action in diseases. The importance of mathematics and science is very important. The latest annual order and the fourth year, last year, cited the history of biochemical reaction and recorded the history of chemical reaction. The article may be divided into two categories: mathematical analysis, Text2Model response, data acquisition, data acquisition, and Text2Model response. The combination of the mechanical properties and the mechanical properties of the chemical reaction system, the chemical reaction mechanism, the mechanical properties, the mechanical mechanics, the mechanical properties, the mechanical properties and the conditions of cooperation were established. In the system, there is no significant difference between the two systems. In the system, there is a significant difference between the two systems (the number of equilibrium dissociation is positive one). It is easy to make a difference in terms of the size of the protocol, as well as in the interaction between each other. In combination with the Text2Model system, you can tell me that there is a problem in the road, and that the serial number indicates that the number indicates that the information is not correct, that is, the information is not available, and that the information is not available in the university. It means that the Fabian Ormersbach is in harmony with the university. The effect of the interaction between each other is that the equipment can be modified. The above results show that the Text2Model results show that the equipment is in good condition. The patient is inherently aware of the disease. GDC Data Portal updates are accompanied by parsing. Use the update to reorganize the file. Update the text to publish the article, and STAR Protocols to publish it.