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自由エネルギー反応経路探索法によるタンパク質リガンド結合の計算手法開発

利用自由能反应路径搜索法开发蛋白质-配体结合的计算方法

基本信息

批准号：
19J01221
负责人：
満田祐樹
金额：
$ 2.58万
依托单位：
University of Tsukuba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-25 至 2022-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本年度の研究では、前年度から行っていた自由エネルギー地形計算のメタダイナミクス法への応用を行い、各反応経路の反応速度を割り出し、それを元に反応経路ネットワークを定常状態近似で縮約、フォールディング構造を安定点の集合として捉えることで、構造揺らぎを含めたエントロピー評価を行う手法の研究結果について、国際雑誌であるJournal of Chemical Theory and Computationに投稿した。この論文は、ジャーナルカバーに選択された。この論文執筆の際の英文校正、およびジャーナルカバーの投稿費として、科研費が使用された。また、反応経路ネットワーク解析の方法の適用範囲をより広げるため、メタダイナミクス法の発展系であるVariational Enhanced Samplingを利用した自由エネルギー計算にも対応できるようにプログラムを拡張し、計算が可能となった。それを利用して、ジペプチドの膜透過計算を行った。この計算は、薬剤分子に対してどれほど薬効を持っているのかを調べる上で重要な指標となる。また、明確な実験結果があるため、それと比較することで計算の妥当性を評価することができる。この計算結果は実験結果と高い一致を示し、また膜透過時の複雑な構造変化を追うことができることを示した。その結果を第３４回分子シミュレーション討論会で発表した。これらの計算のための計算機使用料および計算機購入費、データを保存するHDDの購入費として、本科研費が使用された。本計算結果は、メインテーマであるタンパク質リガンドドッキング計算に対しても有効な手段であるため、今後の研究の展開を行っていく。

This year's research is based on the previous year's research. The research results include the following: the application of free terrain calculation method, the separation of reverse speed of each reverse circuit, the reduction of steady state approximation, the collection of stable points, the structural analysis method, the analysis method, the research results, the analysis method, the calculation method, the calculation method and the calculation method. Journal of Chemical Theory and Computation This paper is not only for the sake of the article, but also for the sake of the article selection. The English correction and the contribution fee of the paper are used for the preparation of the paper. The application range of the method for analyzing and analyzing the inverse network is as follows: the development system of the method for analyzing and analyzing the inverse network is as follows: For example, if you want to use a computer, you can use it to calculate the transmission rate. This calculation is based on important indicators such as the number of molecules, the number of molecules, and the number of molecules. The result of the calculation is clear and accurate. The calculation results are consistent with each other, and the complex structure of the film transmission is consistent with each other. The results of the 34th session of the Sub-Commission were presented. Computer usage fees, computer purchase fees, HDD storage fees, and research fees are all used. The results of this calculation are as follows: 1.