ヌタウナギにおける染色体放出ではDNA鎖内部領域欠失・再結合はおこなわれているか

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科研費申請時には、検出されているID領域の大きさによる塩基配列のデータベースを構築した後、以下の３つの作業目標を設けた；１．大きさに分けた幾つかの配列について、その領域が本当にEゲノムに相当するのかをS・G両ゲノムを鋳型にしたPCRで検証し、またその領域の染色体上の位置をFISH解析で特定する、２．塩基配列を詳細に解析し、遺伝子等の分布や既知の転位因子との相同性等を解析する、３．個体によってID領域に差がないのかを上記１で確認し、必要なら関連領域のリシーケンシングをNGSによって行いデータの信憑性を検証する。初年度は、作業目標１に沿って、SゲノムにおいてEゲノムの上下流が再結合したと考えられるSゲノム由来scaffoldとそれに対応するGゲノムの配列をランダムに抽出し比較解析した結果、再結合の様式は概ね３通りに分類された。また再結合が確認された複数のGゲノム由来scaffold配列を基にEゲノムの上・下流を増幅するPCR解析の結果、G・S両ゲノムからも増幅されることがあり、ID領域に細胞間・個体間での違う可能性が示唆された。そこで作業目標３の複数個体での実施を行い、まずは同一個体由来のS・G両ゲノムそれぞれについて受託解析に依頼した。２年目は研究が休眠状態の中、本研究課題について文科省科研費助成事業「先進ゲノム支援」へ申請・採択され、支援チームの助言に従い、前年度の受託解析データの情報解析をチームに依頼した。３年目は、新規に採集した個体組織から同一個体由来のS・G両ゲノムのLong-readでのゲノム再構築を最新のNGS解析機器にて行い、新たなドラフト・ゲノムの構築と、個体差確認用のデータも得ることとした。4年目の今年度は、支援チームによる最新NGS解析による新たなドラフト・ゲノムの構築の結果報告を受け、追加解析について協議を行った。