ヌタウナギにおける染色体放出ではDNA鎖内部領域欠失・再結合はおこなわれているか

盲鳗染色体释放过程中是否发生 DNA 链内部区域缺失和重组？

基本信息

批准号：
19K06783
负责人：
久保田宗一郎
金额：
$ 2.83万
依托单位：
Toho University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2019
资助国家：
日本
起止时间：
2019-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

科研費申請時には、検出されているID領域の大きさによる塩基配列のデータベースを構築した後、以下の３つの作業目標を設けた；１．大きさに分けた幾つかの配列について、その領域が本当にEゲノムに相当するのかをS・G両ゲノムを鋳型にしたPCRで検証し、またその領域の染色体上の位置をFISH解析で特定する、２．塩基配列を詳細に解析し、遺伝子等の分布や既知の転位因子との相同性等を解析する、３．個体によってID領域に差がないのかを上記１で確認し、必要なら関連領域のリシーケンシングをNGSによって行いデータの信憑性を検証する。初年度は、作業目標１に沿って、SゲノムにおいてEゲノムの上下流が再結合したと考えられるSゲノム由来scaffoldとそれに対応するGゲノムの配列をランダムに抽出し比較解析した結果、再結合の様式は概ね３通りに分類された。また再結合が確認された複数のGゲノム由来scaffold配列を基にEゲノムの上・下流を増幅するPCR解析の結果、G・S両ゲノムからも増幅されることがあり、ID領域に細胞間・個体間での違う可能性が示唆された。そこで作業目標３の複数個体での実施を行い、まずは同一個体由来のS・G両ゲノムそれぞれについて受託解析に依頼した。２年目は研究が休眠状態の中、本研究課題について文科省科研費助成事業「先進ゲノム支援」へ申請・採択され、支援チームの助言に従い、前年度の受託解析データの情報解析をチームに依頼した。３年目は、新規に採集した個体組織から同一個体由来のS・G両ゲノムのLong-readでのゲノム再構築を最新のNGS解析機器にて行い、新たなドラフト・ゲノムの構築と、個体差確認用のデータも得ることとした。4年目の今年度は、支援チームによる最新NGS解析による新たなドラフト・ゲノムの構築の結果報告を受け、追加解析について協議を行った。

在申请科学研究基金时，在基于检测到的ID区域的大小构建基本序列数据库后，设定了以下三个工作目标：1。对于几个序列，分为大小，验证该区域是否真正使用S s和g基因组作为模板，并确定使用该区域的染色体位置，则使用S s和g基因组来对应于PCR。 2。3。详细分析基本序列，以分析具有已知换位因子等的基因等分布以及同源性的分布。在上面的1中，是否确认了个体之间的ID区域之间的差异，并在必要时使用NGS对相关区域进行重新方程，以验证数据的真实性。在第一年，与工作目标1一致，S基因组衍生的脚手架的序列被认为是在S基因组中重新组合的，并且它们相应的G基因组被随机提取和比较，重组模式被大致分为三种不同的方式。此外，基于已确认已重新组合的多个G基因组的脚手架序列扩增E基因组的向上和下游的PCR分析导致G和S基因组的扩增结果，这表明ID区域在细胞和个体之间可能有所不同。因此，我们进行了多个具有工作目标3的个体，并首先要求对来自同一个体得出的S和G基因组的委员会分析。第二年，在研究处于休眠状态时，研究主题被应用于教育，文化，体育，科学和技术部的赠款赠款项目“高级基因组支持”，并根据支持团队的建议，该团队要求分析上一年合同分析数据的信息。在第三年，使用最新的NGS分析工具从新收集的单个组织的S和G基因组的长阅读基因组重建基因组，并获得了用于构建新基因组草案并确认个性差异的数据。今年，第四年，我们使用支持团队的最新NGS分析收到了一份有关建造新基因组草案的结果的报告，并讨论了其他分析。