ヌタウナギにおける染色体放出ではDNA鎖内部領域欠失・再結合はおこなわれているか

盲鳗染色体释放过程中是否发生 DNA 链内部区域缺失和重组？

• 批准号: 19K06783
• 负责人: 久保田 宗一郎
• 金额: $ 2.83万
• 依托单位: Toho University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2019
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2019-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19K06783/
• 关键词: ヌタウナギ; ゲノム再編成; 染色体放出; DNA鎖内部欠失; NGSデータ; 染色体末端切除; 染色体レベルゲノム配列構築; Hi-C解析; リシーケンス; リシークエンス; 内部領域欠失; 次世代シーケンシング

科研費申請時には、検出されているID領域の大きさによる塩基配列のデータベースを構築した後、以下の３つの作業目標を設けた；１．大きさに分けた幾つかの配列について、その領域が本当にEゲノムに相当するのかをS・G両ゲノムを鋳型にしたPCRで検証し、またその領域の染色体上の位置をFISH解析で特定する、２．塩基配列を詳細に解析し、遺伝子等の分布や既知の転位因子との相同性等を解析する、３．個体によってID領域に差がないのかを上記１で確認し、必要なら関連領域のリシーケンシングをNGSによって行いデータの信憑性を検証する。初年度は、作業目標１に沿って、SゲノムにおいてEゲノムの上下流が再結合したと考えられるSゲノム由来scaffoldとそれに対応するGゲノムの配列をランダムに抽出し比較解析した結果、再結合の様式は概ね３通りに分類された。また再結合が確認された複数のGゲノム由来scaffold配列を基にEゲノムの上・下流を増幅するPCR解析の結果、G・S両ゲノムからも増幅されることがあり、ID領域に細胞間・個体間での違う可能性が示唆された。そこで作業目標３の複数個体での実施を行い、まずは同一個体由来のS・G両ゲノムそれぞれについて受託解析に依頼した。２年目は研究が休眠状態の中、本研究課題について文科省科研費助成事業「先進ゲノム支援」へ申請・採択され、支援チームの助言に従い、前年度の受託解析データの情報解析をチームに依頼した。３年目は、新規に採集した個体組織から同一個体由来のS・G両ゲノムのLong-readでのゲノム再構築を最新のNGS解析機器にて行い、新たなドラフト・ゲノムの構築と、個体差確認用のデータも得ることとした。4年目の今年度は、支援チームによる最新NGS解析による新たなドラフト・ゲノムの構築の結果報告を受け、追加解析について協議を行った。

After the application of scientific research, the following 3 years will be used as the target standard for the allocation of information in the field of ID. 1. The location of the PCR on the chromosomes of the field is analyzed by the analysis of the position of the FISH on the chromosomes of the field. 2. The location of the FISH on the chromosome is analyzed, such as the distribution, the location, the identity, and so on. 3. If necessary, please confirm that your ID domain information is not valid. If necessary, you will need to know if you have any information about your business. You will need to know if you have any information. At the beginning of the year, in the beginning of the year, in the first year of the year, in the beginning of the year, in the beginning of the year, in the first year of the year, in the beginning of the year, in the first year of the year, in the first year of the year, in the beginning of the year, in the first year, in the beginning of the year, and then combined with the In combination with the confirmation of the complexity of the data, the origin of the scaffold configuration is based on the results of the PCR analysis of the upstream and downstream data of the basic E-server, and the results of the PCR analysis of the data. The results show that the possibility of intercellular communication in the ID domain is significant. In order to analyze the origin of the same body, it is necessary to analyze and analyze the origin of the same body. The purpose of this study is to study the dormancy status of the Ministry of Arts and Sciences, the Ministry of Arts and Sciences, the Ministry of Science and Technology, the Ministry of Arts and Sciences, the Ministry of Arts For 3 years, the new specification set