バクテリアの挿入因子ISによるゲノム再編成

通过细菌插入因子 IS 进行基因组重排

• 批准号: 17019012
• 负责人: 大坪 栄一
• 金额: $ 1.92万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17019012/
• 关键词: 挿入因子; ゲノム再編; 赤痢菌O157; 古細菌; 大腸菌; 変異; 病原性大腸菌; Shiga毒素

挿入因子ISは、自身のトランスポゼースの働きにより欠失・重複・逆位等のゲノム再編を促す。本研究は、ゲノムに生じた再編に基づいて、多種多様な病原性大腸菌、赤痢菌株の系統関係を明らかにすることにより、病原性細菌の生物学的由来を知ることを目的としたものである。一方、ゲノム再編の同定の過程で様々なISファミリーに属する因子を見出したが、中でもIS1のファミリーに属する様々なメンバーが古細菌を含む広範な細菌群に存在することが分かった。そこで本研究は、多様な細菌のゲノムに存在するIS1ファミリーのメンバーをさらに同定し、それらの構造、及び、それらにコードされているトランスポゼースの機能解析を行うことをもう一つの目的としたものである。大腸菌、赤痢菌ゲノムの再編成を調べるために、K-12 MG1655株の配列を基にして0-30分に相当する領域(約1400kb)を解析し、系統の分類と関係を知る上で良い任意の菌株共通に存在する挿入、欠失、置換などの変異を見出し、これらの変異の有無を基にして系統樹を作成した。我々は、これまでに0-10分に相当する領域で見出された任意の菌株共通に存在する変異を基に、感染研由来のEnterohemorragicなどの6群に属する大腸菌68種と赤痢菌5種のゲノムを解析し、大腸菌が異なるいくつかのクラスターを成すこと、また、赤痢菌3系統が大腸菌内の特異的なクラスターを成し、医学的分類と生物学上の分類との関係が解明できた。一方、IS1に関して、古細菌、らん藻を含む様々な細菌ゲノムから見出したIS1ファミリーの因子のトランスポゼースに、2つのDNA結合ドメインを成すと思われる領域がN末に,3つの酸性アミノ酸(DDE)を含む触媒に関わると思われる領域が中央に、また、ダイマー形成に関わると思われるロイシンジッパー様配列がC末に存在することが分かった。そこで、各領域に変異を持つIS1変異体を作成し、in vivo転移系で転移能を調べると共に、変異トランスポゼースのDNA結合能とダイマー形成能を調べることによって、各領域に変異を持つトランスポゼースが予想される機能を喪失していることを明らかにした。

The insert factor IS, itself is <s:1> トラ スポゼ ス ス ス ス ス ス <s:1> <s:1> によ によ, <s:1> deficiency, repetition, inversion, etc. Youdaoplaceholder4 re-encoding を promotes す. Born は, this study ゲ ノ ム に じ た again plait に base づ い て, many many others な pathogenicity coliform, dysentery strains の system masato を Ming ら か に す る こ と に よ り, know the origin of the pathogenic bacteria の biology を る こ と を purpose と し た も の で あ る. Side, ゲ ノ ム の same again set の process で others 々 な IS フ ァ ミ リ ー に genus す る factors を see out し た が, medium で も IS1 の フ ァ ミ リ ー に genus す る others 々 な メ ン バ ー が archaea を containing む hiroo van な bacterial group に す る こ と が points か っ た. そ こ で は, many others in this study な bacteria の ゲ ノ ム に exist す る IS1 フ ァ ミ リ ー の メ ン バ ー を さ ら に with し, そ れ ら の structure, and び, そ れ ら に コ ー ド さ れ て い る ト ラ ン ス ポ ゼ ー ス の line function analytical を う こ と を も う a つ の purpose と し た も の で あ る. Escherichia coli and dysentery bacteria ゲノム are re-compiled into を, べるために, K-12 MG1655 の strains with column を base に し て 0 to 30 points に quite す る field (1400 KB) を analytical し, classification system の と masato を know る fasten good で い arbitrary の strains exist common に す る scions into, owe loss, displacement な ど の - see different を し, こ れ ら の variations have different の without を base に し て system tree を made し た. I 々 は, こ れ ま で に 0 to 10 points に quite す で る field shows さ れ た arbitrary の strains exist common に す る - different を に, infection research origin の Enterohemorragic な ど の に belong to 6 group す る coliform 68 と dysentery bacteria five の ゲ ノ ム を analytical し, coliform が different な る い く つ か の ク ラ ス タ ー を into す こ と, ま た, dysentery bacteria within 3 system が coliform の specific な ク ラ ス タ ー を into し classification, the classification of medical と biologically の と の masato is が interpret で き た. Party, IS1 に masato し て, the archaea, ら ん algal を containing む others 々 な bacteria ゲ ノ ム か ら shows し た IS1 フ ァ ミ リ ー の factor の ト ラ ン ス ポ ゼ ー ス に, 2 つ の dna-binding ド メ イ ン を into す と think わ れ が る field at the end of the N に, 3 つ の acid ア ミ ノ acid (DDE) contains を む catalyst に masato わ る と think わ れ が central に, ま る field た, ダ イ マ ー form に masato わ る と think わ れ る ロ イ シ ン ジ ッ パ ー others exist at the end of the match column が C に す る こ と が points か っ た. Youdaoplaceholder0 で で, each field に variation を holding the <s:1> IS1 variation を is made into そ, in Vivo move planning department で planning to move to を べ る と に, - different ト ラ ン ス ポ ゼ ー ス の DNA binding energy と ダ イ マ ー form to を べ る こ と に よ っ て, various fields に - different を hold つ ト ラ ン ス ポ ゼ ー ス が to think さ れ る loss function を し て い る こ と を Ming ら か に し た.

项目成果

The genome sequence of Clostridium botulinum type C neurotoxin-converting phage and the molecular mechanisms of unstable lysogeny.

• DOI: 10.1073/pnas.0505503102
• 发表时间: 2005-11
• 期刊: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
• 影响因子: 11.1
• 作者: Y. Sakaguchi;Tetsuya Hayashi;K. Kurokawa;K. Nakayama;K. Oshima;Y. Fujinaga;M. Ohnishi;E. Ohtsubo;M. Hattori;K. Oguma

Identification and characterization of Australian wild rice strains of Oryza meridionalis and Oryza rufipogon by SINE insertion polymorphism

• DOI: 10.1266/ggs.80.129
• 发表时间: 2005-04-01
• 期刊: GENES & GENETIC SYSTEMS
• 影响因子: 1.1
• 作者: Xu, JH;Kurata, N;Ohtsubo, E
• 通讯作者: Ohtsubo, E

Two new SINE elements, p-SINE2 and p-SINE3, from rice.

来自稻米的两种新正弦元素：p-SINE2 和 p-SINE3。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Genes Genet.Syst.Genes Genet.Syst. 80
• 作者: Xu;J.-H.;Osawa;I.;Tsuchimoto;S.;Ohtsubo;H.;Ohtsubo;E.
• 通讯作者: E.