宿主と寄生体の共進化における普遍則を実験と理論の両面から探求する
宿主と寄生体の共進化における普遍則を実験と理論の両面から探求する
批准号:
17J01023
负责人:
古林 太郎
金额:
$1.09万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2017
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2017-04-26 至 2019-03-31
中文摘要
本研究の目的は、生命の起源で想定されるような単純な自己複製系においても避けがたく発生してしまう寄生性分子(ウイルスのようなもの)が宿主との生存競争を通じて複製系に及ぼす進化的影響を、実験と理論の両面から追求することであった。理論では、区画化された単純な宿主・寄生体複製系の数理モデルの構築と解析を行った。広いパラメータ空間上での網羅的な計算機シミュレーションの結果、原始地球でも実現可能であろう単純な区画ダイナミクスのみによって複製系が安定に持続可能な条件を見出した。また、複製系が安定に持続可能となるためには区画が多数あること、区画の融合分裂頻度が大きいこと、栄養量が適度な範囲にあることなどが重要な要件であることが明らかになった。これらの知見を用いれば、宿主と寄生体の相互作用の程度を段階的に変化させた新しい進化実験の条件設定を行うことができると考えられる。この成果は、平成29年度内に論文化した。実験では、自己複製能力を持つ宿主RNAと寄生体RNAの長期的な実験進化を実施し、その進化ダイナミクスを次世代シーケンサと生化学的なアッセイにより解析した。配列解析の結果、宿主RNAは多系統に分岐進化を起こしていたこと、寄生体の側では新たな分子種が進化途中で発生していたことが判明した。生化学アッセイにより宿主と寄生体の関係がいかに発展したかを解析した結果、宿主RNA側での寄生体RNAの複製を防ぐ適応進化と、寄生体RNA側での進化後宿主への新たな寄生能力の適応進化が繰り返し起こっており、寄生体が宿主の継続進化と多様化に貢献していることを示唆していた。これらの結果は、単純な複製子集団がダーウィン進化を通じて自発的に宿主・寄生体の関係がダイナミックに変動する複雑な生態系へと発展したことを示しており、生命の初期進化について重要な知見が得られたと言える。この成果は、平成31年度に出版予定である。
英文摘要
本研究の目的は、生命の起源で想定されるような単純な自己複製系においても避けがたく発生してしまう寄生性分子(ウイルスのようなもの)が宿主との生存競争を通じて複製系に及ぼす進化的影響を、実験と理論の両面から追求することであった。理論では、区画化された単純な宿主・寄生体複製系の数理モデルの構築と解析を行った。広いパラメータ空間上での網羅的な計算機シミュレーションの結果、原始地球でも実現可能であろう単純な区画ダイナミクスのみによって複製系が安定に持続可能な条件を見出した。また、複製系が安定に持続可能となるためには区画が多数あること、区画の融合分裂頻度が大きいこと、栄養量が適度な範囲にあることなどが重要な要件であることが明らかになった。これらの知見を用いれば、宿主と寄生体の相互作用の程度を段階的に変化させた新しい進化実験の条件設定を行うことができると考えられる。この成果は、平成29年度内に論文化した。実験では、自己複製能力を持つ宿主RNAと寄生体RNAの長期的な実験進化を実施し、その進化ダイナミクスを次世代シーケンサと生化学的なアッセイにより解析した。配列解析の結果、宿主RNAは多系統に分岐進化を起こしていたこと、寄生体の側では新たな分子種が進化途中で発生していたことが判明した。生化学アッセイにより宿主と寄生体の関係がいかに発展したかを解析した結果、宿主RNA側での寄生体RNAの複製を防ぐ適応進化と、寄生体RNA側での進化後宿主への新たな寄生能力の適応進化が繰り返し起こっており、寄生体が宿主の継続進化と多様化に貢献していることを示唆していた。これらの結果は、単純な複製子集団がダーウィン進化を通じて自発的に宿主・寄生体の関係がダイナミックに変動する複雑な生態系へと発展したことを示しており、生命の初期進化について重要な知見が得られたと言える。この成果は、平成31年度に出版予定である。
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In vitro “Evolutionary Arms-Races” between Hosts and Parasites in an Artificial RNA Replication System
人工 RNA 复制系统中宿主和寄生虫之间的体外“进化军备竞赛”
DOI:
--
发表时间:
2017
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Furubayashi, T., Ichihashi, N., 古林太郎, 古林太郎, 古林太郎, 古林太郎, Taro Furubayashi]
通讯作者:
Taro Furubayashi
(ほぼ)ゼロから創る自己複製子と ウイルス様複製子の進化的軍拡競争 -人工RNA複製系を用いて
自我复制子和从(几乎)零开始创建的类病毒复制子之间的进化军备竞赛——使用人工RNA复制系统
DOI:
--
发表时间:
2017
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Furubayashi, T., Ichihashi, N., 古林太郎, 古林太郎, 古林太郎, 古林太郎, Taro Furubayashi, 古林太郎, Taro Furubayashi, 古林太郎]
通讯作者:
古林太郎
In vitro evolutionary arms-races among artificial host-Parasite RNA replicators
人工宿主-寄生虫 RNA 复制子之间的体外进化军备竞赛
DOI:
--
发表时间:
2017
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Furubayashi, T., Ichihashi, N., 古林太郎, 古林太郎, 古林太郎, 古林太郎, Taro Furubayashi, 古林太郎, Taro Furubayashi]
通讯作者:
Taro Furubayashi
次世代シーケンサーを用いた人工RNA宿主・寄生体複製系の共進化ダイナミクスの解析、口頭
使用下一代测序仪分析人工 RNA 宿主-寄生虫复制系统的共同进化动力学,口头报告
DOI:
--
发表时间:
2018
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Furubayashi, T., Ichihashi, N., 古林太郎]
通讯作者:
古林太郎
In vitro "evolutionary arms-races" between host and parasite RNA replicators
宿主和寄生虫 RNA 复制子之间的体外“进化军备竞赛”
DOI:
--
发表时间:
2018
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Furubayashi, T., Ichihashi, N., 古林太郎, 古林太郎]
通讯作者:
古林太郎
共 8 条
超高効率in vitro進化系を用いたCas9タンパク質の表現型リプログラミング
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批准号:24K17798
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$3.0万
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财政年份:2024
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负责人:古林 太郎
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依托单位:
進化工学を用いた人工DNAゲノム機能発現の最適化
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批准号:22KJ0540
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$2.33万
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财政年份:2023
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负责人:古林 太郎
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依托单位:
DNA自己増幅ループを用いたスクリーニング不要のin vitro分子進化法の開発
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批准号:22K14794
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项目类别:Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
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资助金额:$2.91万
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财政年份:2022
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负责人:古林 太郎
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依托单位:
海外基金