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Construction of systematic tools forgenome analysesto determinegenes responsible for various disease model in rats
构建用于基因组分析的系统工具以确定导致大鼠各种疾病模型的基因
基本信息
- 批准号：24650238
- 负责人：
- 金额：$ 2.5万
- 依托单位：
- 依托单位国家：日本
- 项目类别：Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
- 财政年份：2012
- 资助国家：日本
- 起止时间：2012 至 无数据
- 项目状态：已结题
- 来源：
- 关键词：
项目摘要
In order to identify genes responsible for phenotypes observed in disease-model rats and determine molecular mechanisms producing those phenotypes, we modified our self-made rat exon capture system, which can easily analyze larger sets of exons in a liquid phase manner. We constructed an effective pipeline to analyze next-generation sequencing data with larger information of polymorphism and gene annotation data in rats. Through combining those systems with linkage analyses, we constructed effective and systematic tools for rat genome analysis. We finally applied this tool to a newly established rat model with unique phenotype, and validated usefulness of our system by collecting candidate variations possibly responsible for its phenotype.
为了确定负责在疾病模型大鼠中观察到的表型的基因，并确定产生这些表型的分子机制，我们修改了我们自制的大鼠外显子捕获系统，它可以很容易地分析较大的外显子集在液相的方式。我们构建了一个有效的管道来分析下一代测序数据与更大的信息的多态性和基因注释数据在大鼠。通过将这些系统与连锁分析相结合，我们构建了有效的、系统的大鼠基因组分析工具。最后，我们将此工具应用于新建立的具有独特表型的大鼠模型，并通过收集可能对其表型负责的候选变异来验证我们的系统的有用性。
项目成果
期刊论文数量（18）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
SIX1 promotes epithelial-mesenchymal transition in colorectal cancer through ZEB1 activation
- DOI：10.1038/onc.2011.646
- 发表时间：2012-11-01
- 期刊：
- 影响因子：8
- 作者：Ono, H.;Imoto, I.;Inazawa, J.
- 通讯作者：Inazawa, J.
Genetic variations in primary breast cancer and its metastatic tumor.
原发性乳腺癌及其转移性肿瘤的遗传变异。
- DOI：
- 发表时间：2012
- 期刊：
- 影响因子：0
- 作者：Hosoda F;et al.
- 通讯作者：et al.
DNA Methylation Signatures of Peripheral Leukocytes in Schizophrenia
- DOI：10.1007/s12017-012-8198-6
- 发表时间：2013-03-01
- 期刊：
- 影响因子：3.5
- 作者：Kinoshita, Makoto;Numata, Shusuke;Ohmori, Tetsuro
- 通讯作者：Ohmori, Tetsuro
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Characterization of the esophageal carcinogenesis-promoting molecular switch existing inside the isoform of RNA-binding protein
RNA结合蛋白亚型内部存在的食管癌促进分子开关的表征
- 批准号：
16K15618 - 财政年份：2016
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
Optimization of therapeutic strategy for esophageal squamous cell carcinoma based on modeling of intratumoral heterogeneity using omics data and genome editing
基于组学数据和基因组编辑的瘤内异质性建模优化食管鳞状细胞癌的治疗策略
- 批准号：
26293304 - 财政年份：2014
- 资助金额：
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$ 2.5万 - 项目类别：
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$ 2.5万 - 项目类别：
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高水平自主轮跑活动模型大鼠表型相关基因的快速筛选
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$ 2.5万 - 项目类别：
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18591457 - 财政年份：2006
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Development and application of high-density genomic microarray system as a tool for human genome structural variation
高密度基因组微阵列系统作为人类基因组结构变异工具的开发与应用
- 批准号：
17019014 - 财政年份：2005
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
Identification of molecular target for diagnosis and therapy of esophageal squamous-cell carcinoma based on microarray technology.
基于微阵列技术识别食管鳞癌诊治分子靶点
- 批准号：
16591300 - 财政年份：2004
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$ 2.5万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Molecular Mechanism of cIAP1 in Malignant Progression of Human Cancer
cIAP1在人类癌症恶性进展中的分子机制
- 批准号：
14570454 - 财政年份：2002
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$ 2.5万 - 项目类别：
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相似海外基金
Investigating how TRAF1 Controls Inflammasome Activation in Animal Disease Models of Inflammatory Arthritis and Peritonitis
研究 TRAF1 如何控制炎症性关节炎和腹膜炎动物疾病模型中的炎症小体激活
- 批准号：
449429 - 财政年份：2020
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Studentship Programs
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RNA代谢缺陷引起的儿科疑难疾病动物模型的建立及新疗法的开发
- 批准号：
20H03644 - 财政年份：2020
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Pathologic analysis of retroviral cardiomyocyte abnormality and the usefulness as an animal disease model
逆转录病毒心肌细胞异常的病理分析及其作为动物疾病模型的用途
- 批准号：
19K22356 - 财政年份：2019
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$ 2.5万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
The study of determining the disease pathogenesis and developing the attractive animal disease model using cynomolgus monkeys with retinitis pigmentosa
食蟹猴色素性视网膜炎发病机制的确定和有吸引力的动物疾病模型的研究
- 批准号：
19K09971 - 财政年份：2019
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Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Functional analysis of type 2 diabetes susceptibility genes using animal disease models
利用动物疾病模型对2型糖尿病易感基因进行功能分析
- 批准号：
18K08466 - 财政年份：2018
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Plasmids and virulence in animal disease isolates of type A Clostridium perfringens
A 型产气荚膜梭菌动物疾病分离株的质粒和毒力
- 批准号：
183796-2011 - 财政年份：2017
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Discovery Grants Program - Individual
Pakistan FELTP-Human/Animal Disease Investigation and Technical Assistance to National Zoonoses Surveillance and Research Unit (NaZSRU)
巴基斯坦 FELTP-向国家人畜共患病监测和研究单位 (NaZSRU) 提供人类/动物疾病调查和技术援助
- 批准号：
9121763 - 财政年份：2015
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Discovering Patterns using Near Unsupervised Leaning to Support the Quick Detection of New Animal Disease Outbreaks Caused by Viruses
使用近乎无监督的学习发现模式，以支持快速检测由病毒引起的新动物疾病爆发
- 批准号：
LP140100670 - 财政年份：2015
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Linkage Projects
Plasmids and virulence in animal disease isolates of type A Clostridium perfringens
A 型产气荚膜梭菌动物疾病分离株的质粒和毒力
- 批准号：
183796-2011 - 财政年份：2014
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：
Discovery Grants Program - Individual
Develop a measure of the capability of dairy operations to be permitted to move milk from farm to market during an animal disease emergency and demonstrate its application in New England.
制定一项措施，衡量乳制品企业在动物疾病紧急情况下获准将牛奶从农场运至市场的能力，并在新英格兰展示其应用。
- 批准号：
8870961 - 财政年份：2014
- 资助金额：
$ 2.5万 - 项目类别：