Origin and evolution of allosteric riboswitches

变构核糖开关的起源和进化

• 批准号: 23657160
• 负责人: TAMURA Koji
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: Tokyo University of Science
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2013
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-23657160/
• 关键词: 機能進化; RNA; リボスイッチ; アロステリック

The Bacillus subtilis glycine riboswitch comprises tandem glycine-binding aptamers and regulates transcription via the sensing of glycine. And it shows allosteric effect by binding of one glycine to one aptamer. Here, I found that the riboswitch behaves in a "glycine-independent" manner in the presence of polyethylene glycol and ethylene glycol. The effect is related to the formation of a terminator stem within the expression platform under such conditions. This provided new perspective about the evolution of riboswitch and acquisition of allostericity that molecule-specific functions of riboswitches would have come later, after the formation of less specific domain in riboswitches.

枯草芽孢杆菌甘氨酸核糖开关包含串联甘氨酸结合适体，并通过感测甘氨酸来调节转录。它通过一个甘氨酸与一个适体结合而显示变构效应。在这里，我发现在聚乙二醇和乙二醇的存在下，核糖开关以“不依赖于甘氨酸”的方式发挥作用。该效果与在这种条件下在表达平台内形成终止子茎有关。这为核糖开关的进化和变构性的获得提供了新的视角，即核糖开关的分子特异性功能可能是在核糖开关中的非特异性结构域形成之后才出现的。

项目成果

地球上の生物が左利きアミノ酸を使うようになった理由についての一考察

关于地球上的生物为何开始使用左手氨基酸的研究

• 发表时间: 2011
• 作者: S. Nakagome;S. Mano;L. Kozlowski;J. M. Bujnicki;H. Shibata;Y. Fukumaki;J. R. Kidd;K. K. Kidd;S. Kawamura;H. Oota;田村浩二
• 通讯作者: 田村浩二

新規アミノアシル化法を用いたin vitro 非天然タンパク質創製法の最適化

使用新型氨酰化方法优化体外非天然蛋白质生产方法

• 发表时间: 2013
• 作者: 那須元太郎;楳原琢哉;田村浩二;上田 淳
• 通讯作者: 上田 淳

アセチルリジル-tRNA 合成酵素の機能解析

乙酰赖氨酰-tRNA合成酶的功能分析

• 发表时间: 2013
• 作者: 楳原琢哉;田村浩二
• 通讯作者: 田村浩二

RNAによるタンパク質生合成系の起源

使用RNA的蛋白质生物合成系统的起源

• 发表时间: 2012
• 作者: 阿部 淳;瀧 薫;西山 智明;土金 勇樹;関本 弘之;田村浩二
• 通讯作者: 田村浩二

Binding analysis of Nanoarchaeum equitans trbp111 homolog and tRNA

Nanoarchaeum equalans trbp111 同源物与 tRNA 的结合分析

• 发表时间: 2011
• 作者: 鈴木英路;山本太郎;田村浩二
• 通讯作者: 田村浩二