tRNAに由来するRNA性転移因子初期生成モデルの検証

源自 tRNA 的 RNA 转座元件初始生成模型的验证

• 批准号: 09780626
• 负责人: 大島 一彦
• 金额: $ 1.54万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1997
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1997 至 1998
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-09780626/
• 关键词: レトロウイルス; SINE

前年までの研究によって、クサガメとへビクビガメのゲノムには複数の種類のプロウイルスが存在することが明らかになった。本年度は、これらプロウイルスの5'LTR領域の配列を決定するためにカセットPCR法等を用いたゲノムウォーキングにより、塩基配列の解析を進めた。クサガメの一種類のプロウイルスのプライマー結合領域(PBS)及び5'LTR領域の塩基配列を決定した結果、このウイルスがリジンtRNAに対応するPBSを保持していることが確認された。リジンtRNAを複製の際にプライマーとして用いるレトロウイルスは、カメのSINEの起源と関連があると考えられたグループのウイルスである。しかし、その5'LTR配列(U5領域)は、クサガメSINEのtRNA非相同領域に高い相同性を示さなかった。これは比較するウイルスとSINEが、SINEの起源から長い時間を経たために、互いに多くの変異を蓄積し相同性を判別するのが困難になっているためである可能性が考えられた。そこで、クサガメのSINEの起源となった祖先型のSINE配列を推測するために、クサガメと系統的に遠く離れた種であるウミガメやスッポンのSINE配列の決定を試みた。得られたSINE配列は、欠失や塩基置換が激しく、クサガメのSINEの起源となった祖先型の配列を正確に推定するのは困難であった。本研究では、カメのSINEの起源となったレトロウイルスを同定するには至らなかったが、爬虫類のゲノムにも哺乳類や鳥類のレトロウイルスに極めて類似したレトロウイルスが、プロウイルスとして広く存在している事実を明らかにした。これらのウイルスが、種の壁を越えた水平伝播の結果として生じたものであるのか、あるいは有漿膜類の起源にまで遡る古い存在であるのかという問題は、レトロウイルス全体の起源や進化の問題と密接に関連しており、今後に残された重要な課題である。

The previous year's research was conducted in the following areas: This year, the analysis of the 5'LTR domain was carried out using the PCR method. The base alignment of a type of DNA binding domain (PBS) and a 5'LTR domain is determined, and the DNA binding domain is maintained in PBS. The origin of tRNA is related to the origin of tRNA. 5'LTR alignment (U5 domain), high identity of tRNA in different domains This opens up the possibility of comparing SINE with SINE, considering the long time since the origin of SINE, and the difficulty of determining the similarity due to the accumulation of many differences between them. The origin of the SINE and the determination of the SINE arrangement of the ancestral type are estimated. It is difficult to correctly estimate the origin and alignment of the SINE due to the lack of base substitution. The origin of the SINE was determined by the study, and the existence of the SINE in reptiles and mammals was clarified. The origin and evolution of serosa are important issues in the future.

项目成果

Simimamura,M.,Yasue,H.,Ohshima,K.,Abe,H.,Kato,H.,Kishiro,T.,Goto,M.,Munechika,I.and Okada,N.: "Molecular evidence that whales form a clade within even-toed ungulates." Nature. 388. 666-670 (1997)

Simimamura,M.、Yasue,H.、Ohshima,K.、Abe,H.、Kato,H.、Kishiro,T.、Goto,M.、Munechika,I. 和 Okada,N.：“鲸鱼的分子证据

Takahashi,I.,Nobukuni,T.,Ohmori,H.,Kobayashi,M.,Tanaka,S.,Ohshima,K.,Okada,N.,Masui,T.,Hashimoto,K.and Iwashita,S.: "Existence of abovine LINE repetitive insert that appears in the cDNA of bovine protein BCNT in ruminant,but not in human,genomes." Gene. 2

高桥 I.、信国 T.、大森 H.、小林 M.、田中 S.、大岛 K.、冈田 N.、增井 T.、桥本 K. 和岩下 S.：

Shimamura,M.,Nikaido,M.,Oshima,K.and Okada,N.: "A SINE that acquired a role in signal transduction during evolution." Mol.Biol.Evol.15. 923-925 (1998)

Shimamura,M.、Nikaido,M.、Oshima,K. 和 Okada,N.：“在进化过程中在信号转导中发挥作用的正弦波。”

Kajikawa, M., Ohshima, K.and Okada, N.: "Determination of the entire sequence of turtle CR1 : the first open reading frame of the turtle CR1 element encodes a protein with a novel zinc finger motif." Mol.Biol.Evol.14. 1206-1217 (1997)

Kajikawa, M.、Ohshima, K. 和 Okada, N.：“海龟 CR1 整个序列的测定：海龟 CR1 元件的第一个开放阅读框编码具有新型锌指基序的蛋白质。”

Okada,N.,Hamada,M.,Ogiwara,I.and Oshima,K.: "SINEs and LINEs share common 3' sequences:areview." Gene. 205. 229-243 (1997)

Okada,N.、Hamada,M.、Ogiwara,I. 和 Oshima,K.：“SINE 和 LINE 共享共同的 3 序列：review。”