硫黄供給酵素による脱離反応機構の構造生物学的研究

供硫酶消除反应机理的结构生物学研究

• 批准号: 10760048
• 负责人: 藤井 知実
• 金额: $ 1.28万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1998
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1998 至 1999
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-10760048/
• 关键词: 構造生物学; X線結晶構造解析; ピリドキサールリン酸; システイン

前年度の研究で重原子同型置換法により得た電子密度図に当てはめた分子モデルの精密化を行なった。まず、常温においてRAXISIICにより収集した分解能2.8Åの反射データに対しプログラムXPLORによる精密化を行った。さらに、クライオプロテクタントとしてグリセロールを使用したクライオ実験により結晶の回折最大分解能の増加を試みた。最終的にグリセロール濃度を30%まで増やした母液に浸した結晶を、液体窒素気流中で-170℃に瞬間冷却した。回折強度測定は、高エネルギー加速器研究機構物質構造科学研究所放射光施設で行った。イメージングプレートを検出器とし、波長1.00Åで測定した。回折強度データを処理したところ、分解能2.5ÅでR_<merge>が4.2%のデータを得ることができた。分解能2.8Åで精密化した分子モデルを初期モデルとして使用してさらに精密化を行った。剛体近似精密化を行った後、位置精密化と温度因子の精密化及びグラフィックス上でのモデル修正を繰り返した。分子モデルはタンパク質分子、PLP分子、酢酸分子と129個の水分子を含み、結晶学的R値は20.0%、R_<free>値は23.0%まで収束した。本酵素は406アミノ酸残基のサブユニット2つからなる二量体酵素であり、各サブユニットは、α/βフォールドの大ドメインと、βシートとαヘリックスからなる小ドメイン、およびN末端部分により構成されている。本酵素の特徴は、小ドメインから伸びた1本のαヘリックスを含むロープが、大ドメインの方向へ伸びており、もう一方のサブユニットから伸長したβヘアピンループと相互作用していることである。このロープ上にあるCys364と別のループ上にあるHis55が酵素反応に関与することが立体構造から示唆されるが、低温下での高分解能解析によりこれらの残基近傍の水分子の位置を同定することができた。

In the previous year, the heavy atom homomorphism method has been used to determine the density of electrons, which is very sensitive to the precision of molecular molecules. Temperature, room temperature, RAXISIIC temperature, temperature, In this case, the maximum decomposition energy can be increased by using the crystal of the thermal analysis results. The most effective temperature temperature is 30%. The mother liquor is immersed in the crystal, and the liquid asphyxiant stream is cooled at-170 ℃ in an instant. The measurement of refractive strength, the high-speed accelerator research machine and the radiation construction system of the Institute of Architectural Science. The wave length is 1.00 centimeter and the wavelength is 1.00 centimeter. The bending strength and decomposition energy are 2.5% R _ & lt;merge> 4.2% and 4.2% respectively. The decomposition energy can be 2.8%. Molecular precision is very important in the initial stage. After the precision of the body, the precision of the position, the precision of the temperature factor and the correction of the temperature factor. The molecular weight, molecular The enzyme 406, the acid residue, the acid residue, the enzyme, the acid residue, the acid residue and the N-terminal part of the enzyme. This enzyme is sensitive, small and sensitive. This enzyme contains a wide range of enzymes in the direction of the enzyme, and one side of the enzyme is responsible for the growth of the β-enzyme and the interaction between the two sides. The determination of the position of the residue near the water molecule is the same as that of the high decomposition at low temperature, which indicates that the enzyme anti-Cys364 and the stereo-decomposition of the enzyme can be used to determine the position of the residue near the water molecule.

项目成果

Tomomi Fujii: "Structure of a Nifs Homologue : X-ray Structure Analysis of CsdB, an Escherichia coli Counterpart of Mammalian Selenocysteine Lyase"Biochemistry. 39・6. 1263-1273 (2000)

Tomomi Fujii：“Nifs 同源物的结构：CsdB（哺乳动物硒代半胱氨酸裂解酶的大肠杆菌对应物）的 X 射线结构分析”生物化学 39・6（2000）。