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消化管間質腫瘍におけるc-kitおよびPDGFRα遺伝子変異解析

胃肠道间质瘤中C-kit和PDGFRα基因突变分析

基本信息

批准号：
19925025
负责人：
浅沼広子
金额：
$ 0.49万
依托单位：
Sapporo Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Encouragement of Scientists
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19925025/
关键词：
消化管間質腫瘍遺伝子変異解析標準的手法

项目摘要

消化管間質腫瘍(GIST)の遺伝子変異解析の標準的手法を提唱することを目的として、2006年から札幌医科大学附属病院病理部にて病理組織学的にGISTと診断された、インフォームドコンセントのとれた患者のホルマリン固定・パラフィン標本10例を対象に、c-kitおよびPDGFRα遺伝子変異解析を行った。遺伝子解析方法は以下の通りである。1)ホルマリン固定・パラフィン標本からQIAamp DNA Mini Kit(QIAGEN社)にてgenomic DNAを抽出する。2)得られたDNAサンプルを鋳型としてGeneAmp PCR Systemを用いc-kit(exon 9,11,13,17)及びPDGFRα(exon12,18)のPCR反応を行う。3)得られた増幅産物を3%アガロースゲルにて電気泳動し、目的とする増幅断片を切り出し、QIAquick Gel Extraction Kitを用いてPCR増幅産物を精製する。4)GeneAmp PCR SystemおよびBigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kitを用いCycle Sequence反応を実施し、Dye Ex2.0 Spin Kitを用いSequencing反応産物の精製を行う。精製後のSequencing反応産物をABI PRIZM3100 Genetic Analyzerを用いてキャピラリー電気泳動を行い、塩基配列の決定及びデータ解析を実施する。その結果、10例中9例にc-kit遺伝子exon 11に点突然変異が認められ、変異の無かった1例にはPDGFRα遺伝子exon 18の点突然変異が検出された。PCR反応と測定をそれぞれ3回行って再現性を検討したが、全てのexonでPCR増幅および測定結果が再現された。以上の検討結果から、上記QIAGEN社キットを用いたGIST遺伝子変異解析は少なくとも同一施設内においては標準的手法として問題ないことが明らかとなった。

In 2006, the Department of Pathology, Sapporo Medical University Hospital, conducted the diagnosis of gastrointestinal stromal tumors (GIST) in 10 patients. The method of genetic analysis is as follows. 1) Genomic DNA extraction from QIAamp DNA Mini Kit(QIAGEN) 2)GeneAmp PCR System was developed using c-kit(exon 9, 11, 13, 17) and PDGFRα(exon12,18). 3)PCR amplification products were purified using QIAquick Gel Extraction Kit. 4)GeneAmp PCR System and BigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kit are used to implement Cycle Sequence PCR and Dye Ex2.0 Spin Kit is used to refine Sequencing PCR products. Sequencing reaction product ABI PRIZM3100 Genetic Analyzer is used to determine the molecular weight, molecular weight and molecular weight of the reaction product. 9 out of 10 c-kit gene exon 11 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 19 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 19 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 19 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 19 points changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points suddenly changed, 1 PDGFR gene exon 18 points. PCR assay was performed in 3 cycles, and PCR amplification was performed in 3 cycles. From the results of the above discussion, it is noted that the differences in the analysis of GIST heritage in the use of QIAGEN software are no less than the standard methods and problems within the same implementation.