消化管間質腫瘍におけるc-kitおよびPDGFRα遺伝子変異解析

消化管間質腫瘍(GIST)の遺伝子変異解析の標準的手法を提唱することを目的として、2006年から札幌医科大学附属病院病理部にて病理組織学的にGISTと診断された、インフォームドコンセントのとれた患者のホルマリン固定・パラフィン標本10例を対象に、c-kitおよびPDGFRα遺伝子変異解析を行った。遺伝子解析方法は以下の通りである。1)ホルマリン固定・パラフィン標本からQIAamp DNA Mini Kit(QIAGEN社)にてgenomic DNAを抽出する。2)得られたDNAサンプルを鋳型としてGeneAmp PCR Systemを用いc-kit(exon 9,11,13,17)及びPDGFRα(exon12,18)のPCR反応を行う。3)得られた増幅産物を3%アガロースゲルにて電気泳動し、目的とする増幅断片を切り出し、QIAquick Gel Extraction Kitを用いてPCR増幅産物を精製する。4)GeneAmp PCR SystemおよびBigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kitを用いCycle Sequence反応を実施し、Dye Ex2.0 Spin Kitを用いSequencing反応産物の精製を行う。精製後のSequencing反応産物をABI PRIZM3100 Genetic Analyzerを用いてキャピラリー電気泳動を行い、塩基配列の決定及びデータ解析を実施する。その結果、10例中9例にc-kit遺伝子exon 11に点突然変異が認められ、変異の無かった1例にはPDGFRα遺伝子exon 18の点突然変異が検出された。PCR反応と測定をそれぞれ3回行って再現性を検討したが、全てのexonでPCR増幅および測定結果が再現された。以上の検討結果から、上記QIAGEN社キットを用いたGIST遺伝子変異解析は少なくとも同一施設内においては標準的手法として問題ないことが明らかとなった。

消化管間質腫瘍(GIST)の遺伝子変異解析の標準的手法を提唱することを目的として、2006年から札幌医科大学附属病院病理部にて病理組織学的にGISTと診断された、インフォームドコンセントのとれた患者のホルマリン固定・パラフィン標本10例を対象に、c-kitおよびPDGFRα遺伝子変異解析を行った。遺伝子解析方法は以下の通りである。1)ホルマリン固定・パラフィン標本からQIAamp DNA Mini Kit(QIAGEN社)にてgenomic DNAを抽出する。2)得られたDNAサンプルを鋳型としてGeneAmp PCR Systemを用いc-kit(exon 9,11,13,17)及びPDGFRα(exon12,18)のPCR反応を行う。3)得られた増幅産物を3%アガロースゲルにて電気泳動し、目的とする増幅断片を切り出し、QIAquick Gel Extraction Kitを用いてPCR増幅産物を精製する。4)GeneAmp PCR SystemおよびBigDye Terminator v1.1 Cycle Sequencing Kitを用いCycle Sequence反応を実施し、Dye Ex2.0 Spin Kitを用いSequencing反応産物の精製を行う。精製後のSequencing反応産物をABI PRIZM3100 Genetic Analyzerを用いてキャピラリー電気泳動を行い、塩基配列の決定及びデータ解析を実施する。その結果、10例中9例にc-kit遺伝子exon 11に点突然変異が認められ、変異の無かった1例にはPDGFRα遺伝子exon 18の点突然変異が検出された。PCR反応と測定をそれぞれ3回行って再現性を検討したが、全てのexonでPCR増幅および測定結果が再現された。以上の検討結果から、上記QIAGEN社キットを用いたGIST遺伝子変異解析は少なくとも同一施設内においては標準的手法として問題ないことが明らかとなった。