SNPアレイを用いた染色体解析の性能に関する基礎的検討

マイクロアレイ解析では、用いるアレイによって感度や精度が異なることを理解する必要がある。今回、マーカー数の異なるCytoScan^<TM>750Kアレイ(750K : Affymetrix)とCytoScan^<TM>HDアレイ(HD : Affymetrix)を用いてコピー数変化(Loss、Gain)、LOHおよび低頻度モザイクの検出の比較を行った。微細欠失では、750Kの検出範囲は1413.6kbp、HDでは1555.2kbpで141.6kbp検出範囲が広かった。欠失が認められた遺伝子数に差は無かった。部分トリソミーでは、750Kの検出範囲は15355.4kbp、HDでは19033.0kbpでHDにおいて約3,7kbp検出範囲が広く、この領域に7つの遺伝子を含んでいた。HDにおいて遺伝子数の変化をより詳細に検出することが可能であった。コピー数正常のLOHが2カ所認められた症例では、750Kの検出範囲は3771.6kbpと20136.7kbp、HDでは3621.4kbpと20191.6kbpで一方では750Kにおいて150.2kbp、もう一方ではHDで60kbp検出範囲が広かった。検出領域内に確認された遺伝子数は、いずれも同じで差は認められなかった。また、いずれのアレイもGenotype callでの両親との比較によって片親性ダイソミーのアレルの由来を確定することができた。疾患との関連が乏しいLOHの検出頻度は750Kで高い傾向があった。トリソミーを12%の割合で認めたモザイク例では、CNstateが750Kでは2.49040、HDでは2.52656とGainMosaicを検出し、共に領域内に部分的にCNstate3 (Gain)を認めた。さらに同症例のトリソミー細胞を含まない樹立細胞株のDNAと1:1で混合した試料(6%モザイク)では、750Kでの解析を行いCN state2.27632でモザイクの検出が可能であったが、12%モザイクで認められたGainを示す部分は検出されなかった。

マイクロアレイ解析では、用いるアレイによって感度や精度が異なることを理解する必要がある。今回、マーカー数の異なるCytoScan^<TM>750Kアレイ(750K : Affymetrix)とCytoScan^<TM>HDアレイ(HD : Affymetrix)を用いてコピー数変化(Loss、Gain)、LOHおよび低頻度モザイクの検出の比較を行った。微細欠失では、750Kの検出範囲は1413.6kbp、HDでは1555.2kbpで141.6kbp検出範囲が広かった。欠失が認められた遺伝子数に差は無かった。部分トリソミーでは、750Kの検出範囲は15355.4kbp、HDでは19033.0kbpでHDにおいて約3,7kbp検出範囲が広く、この領域に7つの遺伝子を含んでいた。HDにおいて遺伝子数の変化をより詳細に検出することが可能であった。コピー数正常のLOHが2カ所認められた症例では、750Kの検出範囲は3771.6kbpと20136.7kbp、HDでは3621.4kbpと20191.6kbpで一方では750Kにおいて150.2kbp、もう一方ではHDで60kbp検出範囲が広かった。検出領域内に確認された遺伝子数は、いずれも同じで差は認められなかった。また、いずれのアレイもGenotype callでの両親との比較によって片親性ダイソミーのアレルの由来を確定することができた。疾患との関連が乏しいLOHの検出頻度は750Kで高い傾向があった。トリソミーを12%の割合で認めたモザイク例では、CNstateが750Kでは2.49040、HDでは2.52656とGainMosaicを検出し、共に領域内に部分的にCNstate3 (Gain)を認めた。さらに同症例のトリソミー細胞を含まない樹立細胞株のDNAと1:1で混合した試料(6%モザイク)では、750Kでの解析を行いCN state2.27632でモザイクの検出が可能であったが、12%モザイクで認められたGainを示す部分は検出されなかった。