シダ植物表現型オントロジー（ＦＰＯ）の開発

シダ植物は花の咲かない維管束植物であり、花の咲く被子植物と非維管束植物であるコケ植物の中間に位置する。このことからシダ植物は陸上植物の進化の過程を遺伝子レベルで解明するにあたって重要な生物である。今後次世代シーケンサーによる多様なシダ植物のゲノム解析やRNA-seqデータが増加することが予想される。これらの情報を横断的に検索し利用することが出来れば、さらに網羅的で詳細な比較ゲノム解析が可能になり、陸上植物で進化の過程で獲得した形質等の理解が進むと考える。しかし現状では、大量のオミックス実験の条件や試料を調製した組織部位に関する記述は語彙が統一されておらず、比較ゲノム解析には不可欠な横断的な検索システムを構築することが現実的には不可能な状況である。また陸上植物の統一的な語彙として世界標準的であるPlant Ontology(PO)には、シダ特有の語彙が含まれない場合や定義が異なる場合があった。本研究では、シダの情報を検索可能な統一語彙で記述するために、シダ植物オントロジー(FO : Fern Ontology)の整備を行った。最初に、教科書や文献から、シダの解剖学用語に関する語彙の収集と選抜を行った。また、語彙間の階層構造も定義し、同義語の追加を行い多面的な解析の利用に耐える設計を行った。解剖学的語彙と実際の組織部位を対応づけることは専門家でなければ難しい。そこで本研究ではシダのイラストをオントロジーとリンクさせることにより、直感的に理解できるように設計した。構築したFOをオントロジーの国際的なポータルサイトであるBioPortal(http://bioportal.bioontology.org/ontologies/FO)へ登録し、公開した。FOの整備によりオミックス情報の横断検索が効率化され、遺伝子の比較解析がさらに進むと期待される。

シダ植物は花の咲かない維管束植物であり、花の咲く被子植物と非維管束植物であるコケ植物の中間に位置する。このことからシダ植物は陸上植物の進化の過程を遺伝子レベルで解明するにあたって重要な生物である。今後次世代シーケンサーによる多様なシダ植物のゲノム解析やRNA-seqデータが増加することが予想される。これらの情報を横断的に検索し利用することが出来れば、さらに網羅的で詳細な比較ゲノム解析が可能になり、陸上植物で進化の過程で獲得した形質等の理解が進むと考える。しかし現状では、大量のオミックス実験の条件や試料を調製した組織部位に関する記述は語彙が統一されておらず、比較ゲノム解析には不可欠な横断的な検索システムを構築することが現実的には不可能な状況である。また陸上植物の統一的な語彙として世界標準的であるPlant Ontology(PO)には、シダ特有の語彙が含まれない場合や定義が異なる場合があった。本研究では、シダの情報を検索可能な統一語彙で記述するために、シダ植物オントロジー(FO : Fern Ontology)の整備を行った。最初に、教科書や文献から、シダの解剖学用語に関する語彙の収集と選抜を行った。また、語彙間の階層構造も定義し、同義語の追加を行い多面的な解析の利用に耐える設計を行った。解剖学的語彙と実際の組織部位を対応づけることは専門家でなければ難しい。そこで本研究ではシダのイラストをオントロジーとリンクさせることにより、直感的に理解できるように設計した。構築したFOをオントロジーの国際的なポータルサイトであるBioPortal(http://bioportal.bioontology.org/ontologies/FO)へ登録し、公開した。FOの整備によりオミックス情報の横断検索が効率化され、遺伝子の比較解析がさらに進むと期待される。