ホスホリパーゼA_2の構造化学的研究と特異的阻害剤の分子設計

磷脂酶A_2的结构化学研究及特异性抑制剂的分子设计

• 批准号: 08772071
• 负责人: 友尾 幸司
• 金额: $ 0.64万
• 依托单位: Osaka University of Pharmaceutical Sciences
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
• 财政年份: 1996
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1996 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-08772071/
• 关键词: ホスホリパーゼA_2; X線結晶構造解析; 分子設計

本年度,牛膵臓より得られるPLA_2の前駆体酵素(pro-PLA_2)と二種のアミド型基質アナログとの複合体のX線結晶構造解析法による構造化学的研究を行った.用いた基質アナログは,(R)-2-dodecanoylamino-1-hexanol-phophocholine(コリン型アナログ)と(R)-2-dodecanoylamino-1-hexanol-phophoglychole(グリコール型アナログ)である.両複合体結晶は,蒸気拡散平衡法により得ることが出来た.X線回折強度データーの測定は,R-AXISIICを用いて行った.活性型酵素の構造を初期構造として同型置換法により解析し,構造精密化はプログラムX-PLORによって行った.2.1Å分解能での両複合体の構造を比較すると,蛋白質分子の全体構造にはほとんど違いが無かった.また,N-末端のプロ部分ならびに65〜70残基目ループ部分は揺らぎが大きく,正確な構造を決定することが出来なかった.両基質アナログの蛋白質分子との相互作用様式の比較では,アナログ分子のリン酸基部分およびアルキル鎖部分の相互作用は,コリン型,グリコール型両アナログにおいて大きな違いは無かった.しかし,コリン基,およびグリコール基近傍で蛋白質分子との相互作用に大きな違いが確認された.更に,グリコール型のアナログ分子はグリコール部分の負電荷が,触媒活性部位に存在する水素結合ネットワークに大きく影響を与え,酵素単独の構造とは変化していることが明らかとなった.

In this year, the structural chemistry of PLA2 precursor enzyme and two kinds of complex of PLA2 matrix was studied by X-ray crystallographic analysis. (R)-2-dodecanoylamino-1-hexanol-phophocholine() and (R)-2-dodecanoylamino-1-hexanol-phophochole (. X-ray reflection intensity measurement of complex crystallization, evaporation and dispersion equilibrium method, R-AXISIC method. The structure of the active enzyme was analyzed by isotype substitution method, and the structure was refined by X-PLOR method. 2.1 The structure of the decomposition energy complex was compared with that of the protein molecule. N-terminal residues 65 ~ 70 are the most important part of the structure. A comparison of the interaction patterns between the protein molecules of the matrix and the protein molecules of the matrix shows that the interaction patterns of the acid moiety and the lock moiety of the protein molecules are different, and the interaction patterns of the protein molecules are different. The interaction of protein molecules near the base of the protein molecule is confirmed. In addition, the negative charge of the molecule in the group, the presence of water binding in the active site of the catalyst, and the structure of the enzyme alone are changed.

项目成果

Koji Tomoo: "Interaction Mode of n-dodecylphosphorylcholine,a Substrate Analogue,with Bovine Pancreas Phospholipase A_2 as Determined by X-ray Crystal Analysis" Biochem.Biophyc.Ras,Commun.187. 821-827 (1992)

Koji Tomoo：“通过 X 射线晶体分析确定的底物类似物正十二烷基磷酸胆碱与牛胰腺磷脂酶 A_2 的相互作用模式”Biochem.Biophyc.Ras，Commun.187。

Koji Tomoo: "Crystallization and Preliminary X-ray Study of Agkistrodon halys blomhoffii Phospholipse A_2 Complexed with a Specific inhibitor" J.Biochem.113. 411-412 (1993)

Koji Tomoo：“Agkistrodon halys blomhoffii 磷脂酶 A_2 与特定抑制剂复合的结晶和初步 X 射线研究”J.Biochem.113。

Koji Tomoo: "X-ray Crystal Structure and Molecular Dynamics Simulation of Bovine Pancreas Phospholipase A_2-n-Dodecylphorylcholine Complex" PROTEINS. 19. 330-339 (1994)

Koji Tomoo：“牛胰腺磷脂酶 A_2-n-十二烷基胆碱复合物的 X 射线晶体结构和分子动力学模拟”蛋白质。