水溶液中の分子動力学計算に基づくα-コノトキシン類の立体構造決定

基于水溶液分子动力学计算测定α-芋螺毒素的三维结构

基本信息

  • 批准号:
    08772068
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 0.58万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
  • 财政年份:
    1996
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    1996 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

(1)α-conotoxinMIの立体構造精密化NMR解析とSimulated annealing法により決定された構造を2517分子からなる水の箱に入れて初期構造とし、NMRより得られた拘束条件を加えて分子動力学計算を行った。その結果、通常のSimulated annealing法で得られた立体構造では明らかでなかったα-conotoxin MIの二次構造についての知見が得られた。すなわち、α-conotoxin MIはCys4-Cys8の領域で3(10)ヘリックス、Gly9-Tyr12の領域でタイプ(I)型ベータターンを形成することが明らかとなった。また、同様の活性を持ちX線解析により立体構造が明かとなっているα-conotoxin GIと比較したところ、主鎖の立体構造に関して完全に一致することがわかった。このことは、この共通構造が、α-conotoxin MIとGIが同様な活性を保持するのに重要であることを示している。また、この計算は、あらわに水分子を扱う分子動力学計算がペプチドの立体構造精密化に非常に有効であることを示している。(2)α-conotoxin MIのフォールディングシミュレーションコンピュータによるペプチドの立体構造構築の試みとして、α-conotoxin MIの配列を持つのびたペプチド鎖の水溶液中でのフォールデングシミュレーションを行った。その際、新たに用意したジスルフィド結合ポテンシャルと疎水結合ポテンシャルが、短時間で折り畳まれた構造を得るのに有効であることがわかった。さらに、複数得られた最終構造の中から、Ooiらにより報告されている水和エネルギーパラメータを用いて(1)で決定された立体構造に極めて近い構造を選び出せることがわかった。
(1)α-conotoxinMI three-dimensional structure refinement NMR analysis and Simulated annealing method to determine the structure of 2517 molecules into the early structure of NMR obtained by molecular dynamics calculation As a result, the usual Simulated annealing method is used to obtain the three-dimensional structure. Cys4-Cys8 domain 3(10), Gly9-Tyr12 domain 3(10). X-ray analysis shows that the three-dimensional structure is completely consistent with the α-conotoxin GI. The common structure of α-conotoxin MI and GI is important for maintaining the same activity. The calculation of molecular dynamics is very important for the precision of three-dimensional structure. (2)During the trial and error of the three-dimensional structure of the α-conotoxin MI connector, the configuration of the α-conotoxin MI connector is maintained in an aqueous solution of the connector. In the meantime, the new intention is to combine the water with the water. In the short term, the structure is to combine the water with the water. In addition, the final structure of the complex is reported in the middle of the water and in the middle of the water.(1) The final structure of the complex is determined in the middle of the water.

项目成果

期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
広野修一、合田浩明、海老沢計慶: "コンピュータシミュレーションで分子をみる" 蛋白質核酸酵素. (印刷中). (1997)
Shuichi Hirono、Hiroaki Goda、Keiyoshi Ebisawa:“通过计算机模拟观察分子”蛋白质核酸酶(1997 年)。
  • DOI:
  • 发表时间:
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  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Gouda,H.et al.: "Stereostructure of (-)-Chloropeptin I,a Novel Inhibitor of gp120-CD4 Binding,via High-Temperature Molecular Dynamics,Monte Carlo Conformational Searching,and NMR Spectroscopy" J.Am.Chem.Soc.118(51). 13087-13088 (1996)
Gouda, H. 等人:“(-)-Chloropeptin I 的立体结构,一种新型 gp120-CD4 结合抑制剂,通过高温分子动力学、蒙特卡罗构象搜索和 NMR 光谱”J.Am.Chem.Soc
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
Gouda,H.,Yamaotsu,N.,Yamazaki,K and Hirono.S.: "The Folding Simulation of α-Conotoxin MI Using Molecular Dynamics" Peptide Chemistry 1996. (In press). (1997)
Gouda, H.、Yamaotsu, N.、Yamazaki, S. 和 Hirono。“使用分子动力学对 α-芋螺毒素 MI 进行折叠模拟”肽化学 1996 年(出版中)。
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  • 发表时间:
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    0
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  • 通讯作者:
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