ヒト少量血液からの対象ゲノム領域クローニング新手法の開発

开发一种从少量人类血液中克隆靶基因组区域的新方法

• 批准号: 16659091
• 负责人: 木村 穣
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: Tokai University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 2005
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16659091/
• 关键词: DNA抽出; ETクローニング; 制限酵素; TAR法; 疾患感受性領域; BAC; 血液; 相同組換え; 微量DNA; II型制限酵素; 巨大DNA領域

本年度は以下の成果を得た。1)血液からのDNA抽出法の検討昨年度はDNA抽出法を中心に検討し、多くの研究室で使用されるQuiagen社のDNA抽出キットに比べ、膜を利用したDNA抽出器は操作時間が約5-10分/検体と非常に短時間ですみ、一年程度冷蔵保存の血液からでも50-100KbのDNAを回収できた。本年度はこれを実践的に応用し、研究室のメンバー10人で再現性のよい結果を得た。医の倫理委員会ですでに承認を受けた研究計画について患者群のDNAについても今後検討する。2)クローニング条件の検討件については、昨年度、大腸菌のETクローニング法におけるクローニング条件の検討し、大腸菌株の選定を行った。当初、非常に期待していた方法であったが、この方法は対象領域が10Kb以上になってくると組換え率が非常に低くなることが判明した。これではETクローニング法のよさが活かせないため、次いで非対称的なcohesive末端を生じる制限酵素を用いる方法をモデルゲノムとして酵母を対象に検討した。約10KbまでのDNA断片について、ゲノムからのdirect cloningを試みたところ、回収したクローンはほぼ全例目的の領域を含んでいた。ヒトゲノムの際はcomplexityが高いため、分子量によるDNA分画等を行わねばならないと思われるが、極めて期待が持てる方法と言える。以上をもとに、今後ますます実用化への道を目指したい。

The following results were achieved during the year. 1)The DNA extraction method for blood samples was studied in the center of last year, and the DNA extraction method of Quiagen Company was used in many laboratories. The DNA extraction method was compared with that of Quiagen Company. The DNA extractor was operated for about 5-10 minutes per sample. The DNA extraction method was used for 50-100Kb DNA recovery in a very short time. This year, the research team of 10 people and the reproducibility of the results were achieved. Medical ethics committees acknowledge that future research projects may involve the DNA of patient populations. 2) Examination of the conditions for the selection of E. coli strains, the selection of E. coli strains, and the selection of E. coli strains. At the beginning, the method is expected to be very low, and the method is determined to be more than 10Kb. This is the first time that the enzyme has been detected in the yeast. About 10Kb DNA fragments are included in the target domain. The molecular weight of DNA is determined by the molecular weight of DNA. The above is a guide to the future.

项目成果

A novel method for constructing murine cDNA library enriched with maternal mRNAs exhibiting de novo independent post-fertilization polyadenylation

• DOI: 10.1016/j.bbrc.2004.12.057
• 发表时间: 2005-02-18
• 期刊: BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
• 影响因子: 3.1
• 作者: Sakurai, T;Sato, M;Kimura, M
• 通讯作者: Kimura, M

Possible roles of zic1 and zic4, identified within the medaka Double anal fin(Da)locus, in dorsoventral patterning of the trunk-tail region(related to the phenotypes of the Da mutant).

zic1 和 zic4 在青鳉双肛鳍 (Da) 基因座中鉴定出的可能作用，在躯干尾部区域的背腹侧模式中（与 Da 突变体的表型相关）。

• 发表时间: 2004
• 期刊: Mechanism of Development 121
• 作者: Otsuka;M.;et al.
• 通讯作者: et al.

CHOP : visualization of 'wobbling' and isolation of highly conserved regions from aligned DNA sequences

CHOP：“摆动”的可视化以及从比对的 DNA 序列中分离高度保守的区域

• 发表时间: 2004
• 期刊: Nucleic Acids Res. 32
• 作者: Ohmi Y.;Sato M.;Ohtsuka M;Ohtsuka M. et al.
• 通讯作者: Ohtsuka M. et al.